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万見
- PDB-2aiv: Multiple conformations in the ligand-binding site of the yeast nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aiv
タイトルMultiple conformations in the ligand-binding site of the yeast nuclear pore targeting domain of NUP116P
要素fragment of Nucleoporin NUP116/NSP116
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore ...nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / protein import into nucleus / nuclear envelope / ATPase binding / nuclear membrane / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP116/NSP116
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Robinson, M.A. / Park, S. / Sun, Z.-Y.J. / Silver, P. / Wagner, G. / Hogle, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Multiple Conformations in the Ligand-binding Site of the Yeast Nuclear Pore-targeting Domain of Nup116p
著者: Robinson, M.A. / Park, S. / Sun, Z.-Y.J. / Silver, P.A. / Wagner, G. / Hogle, J.M.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fragment of Nucleoporin NUP116/NSP116


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8081
ポリマ－16,8081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 fragment of Nucleoporin NUP116/NSP116 / Nup116p / Nuclear pore protein NUP116/NSP116


分子量: 16808.256 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 967-1113 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment Interacting with NUP82 NPC subcomplex
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP116, NSP116 / プラスミド: pDEST 15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q02630

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
151

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試料調製

詳細内容: 0.5-1mM Nup116p U-15N,13C
溶媒系: 100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT, 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT
pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7503
Varian INOVAVarianINOVA5004
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS4005
Varian INOVAVarianINOVA6006

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.構造決定
DYANA1Guentert, P.構造決定
NMRPipeJuly 2004 versionDelaglio, F.解析
DYANA1Guentert, P.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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