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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aiv | ||||||
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タイトル | Multiple conformations in the ligand-binding site of the yeast nuclear pore targeting domain of NUP116P | ||||||
要素 | fragment of Nucleoporin NUP116/NSP116 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins ...telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / nuclear localization sequence binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / protein import into nucleus / 核膜 / ATPase binding / 核膜 / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Robinson, M.A. / Park, S. / Sun, Z.-Y.J. / Silver, P. / Wagner, G. / Hogle, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Multiple Conformations in the Ligand-binding Site of the Yeast Nuclear Pore-targeting Domain of Nup116p 著者: Robinson, M.A. / Park, S. / Sun, Z.-Y.J. / Silver, P.A. / Wagner, G. / Hogle, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aiv.cif.gz | 704.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aiv.ent.gz | 588.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aiv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16808.256 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 967-1113 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment Interacting with NUP82 NPC subcomplex 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NUP116, NSP116 / プラスミド: pDEST 15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q02630 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.5-1mM Nup116p U-15N,13C 溶媒系: 100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT, 90% H2O, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |