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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ahy | ||||||
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タイトル | Na+ complex of the NaK Channel | ||||||
![]() | Potassium channel protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / inverted teepee / helix bundle / tetramer / central cavity / ion binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, N. / Ye, S. / Alam, A. / Chen, L. / Jiang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of a Na+- and K+-conducting channel. 著者: Shi, N. / Ye, S. / Alam, A. / Chen, L. / Jiang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | the biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the crystallographic two fold: x , -y , -z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12362.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8 詳細: PEG 400, NaCl, CaCl2, Tris.HCl, t-butanol, n-Decyl-beta-D-maltopyranoside, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293 K, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→19.7 Å / Num. obs: 17824 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 59.504 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 84.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.68 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.43 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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