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万見
- PDB-2ahb: X-ray crystal structure of R46A,R161A mutant of Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ahb
タイトルX-ray crystal structure of R46A,R161A mutant of Mycobacterium tuberculosis FabH
要素Beta- ketoacyl-ACP synthase III
キーワードTRANSFERASE / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III / BETA-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE III / mtFabH / FabH
機能・相同性
機能・相同性情報


mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / Mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brown, A.K. / Sridharan, S. / Kremer, L. / Lindenberg, S. / Dover, L.G. / Sacchettini, J.C. / Besra, G.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Probing the Mechanism of the Mycobacterium tuberculosis {beta}-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III mtFabH: FACTORS INFLUENCING CATALYSIS AND SUBSTRATE SPECIFICITY
著者: Brown, A.K. / Sridharan, S. / Kremer, L. / Lindenberg, S. / Dover, L.G. / Sacchettini, J.C. / Besra, G.S.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all ..._reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all / _software.classification / _software.name
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta- ketoacyl-ACP synthase III
B: Beta- ketoacyl-ACP synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9332
ポリマ－73,9332
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
2
A: Beta- ketoacyl-ACP synthase III
B: Beta- ketoacyl-ACP synthase III

A: Beta- ketoacyl-ACP synthase III
B: Beta- ketoacyl-ACP synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,8674
ポリマ－147,8674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area13740 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area43770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.445, 81.412, 97.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-356-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta- ketoacyl-ACP synthase III / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / KAS III / MtFabH


分子量: 36966.641 Da / 分子数: 2 / 変異: R46A, R161A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fabH / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3)
参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% v/v isopropanol, 20% w/v PEG 4000, pH 7.5, microbatch under oil , temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 52336 / Num. obs: 51995 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Limit h min: -51 / Limit k max: 40 / Limit k min: -51 / Limit l max: 48 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1960952.97 / Observed criterion F min: 4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Num. unique all: 6835

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADVXデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
Adxvdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M1M

1m1m


解像度: 2→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 2654 random
Rwork0.218 --
all0.949 51995 -
obs-51973 -
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 53.6137 Å2 / ksol: 0.37771 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-5.42 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----1.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 0 237 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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