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万見
- PDB-2ah2: Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with 2,3-difluorosia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ah2
タイトルTrypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with 2,3-difluorosialic acid (covalent intermediate)
要素trans-sialidase
キーワードHYDROLASE / transglycosidase / covalent intermediate / trypanosoma cruzi / sialic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FSI / ISOPROPYL ALCOHOL / Trans-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Watts, A.G. / Damager, I. / Wehenkel, A. / Nguyen, T. / Buschiazzo, A. / Paris, G. / Frasch, A.C. / Withers, S.G. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase
著者: Amaya, M.F. / Watts, A.G. / Damager, I. / Wehenkel, A. / Nguyen, T. / Buschiazzo, A. / Paris, G. / Frasch, A.C. / Withers, S.G. / Alzari, P.M.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年8月23日ID: 1S0K
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE Authors indicate that the sequence in the database is incorrect
Remark 600HETEROGEN The covalent Sialo-Tyrosine adduct is the product of the reaction of 2,3-difluorosialic ...HETEROGEN The covalent Sialo-Tyrosine adduct is the product of the reaction of 2,3-difluorosialic acid with the enzyme

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: trans-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0887
ポリマ－71,3891
非ポリマー6996
水15,313850
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.149, 128.690, 54.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 trans-sialidase


分子量: 71389.258 Da / 分子数: 1 / 変異: N59F, S496K, V497G, E521K, D594G, I598D, H600R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F' / 参照: UniProt: Q26966, exo-alpha-sialidase
#3: 糖 ChemComp-FSI / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 3-FLUOROSIALIC ACID / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-manno-non-2-ulosonic acid / (2R,3R,4R,5R,6R)-2,4-ジヒドロキシ-3-フルオロ-5-アセチルアミノ-6-((1R,2R)-1,2(以下略)


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 327.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H18FNO9
識別子タイププログラム
b-D-Neup5Ac3fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 855分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Tris-HCl, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月16日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Laue geometry, 150 microns thin
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→28.4 Å / Num. all: 82813 / Num. obs: 82813 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 0.54
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Num. measured obs: 3883 / Χ2: 0.51 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.382 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 4134 5 %RANDOM
Rwork0.099 ---
all0.101 82813 --
obs0.099 82504 89.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å21.16 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4849 0 44 850 5743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0215147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9377004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898310667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1855652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74423.636220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85115847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2811532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.24789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3810.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1871.54043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6551.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65725150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.30532336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5144.51854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.4132011879
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.68612.5852
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.91912.59599
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 274 -
Rwork0.103 5424 -
all-5698 -
obs--83.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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