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- PDB-2agm: Solution structure of the R-module from AlgE4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2agm
タイトルSolution structure of the R-module from AlgE4
要素Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
キーワードISOMERASE / parallel beta-roll
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat ...: / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannuronan C5-epimerase AlgE4
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, torsion angle dynamics, energy-minimisation
データ登録者Aachmann, F.L. / Svanem, B.I. / Guntert, P. / Petersen, S.B. / Valla, S. / Wimmer, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: NMR structure of the R-module: a parallel beta-roll subunit from an Azotobacter vinelandii mannuronan C-5 epimerase.
著者: Aachmann, F.L. / Svanem, B.I. / Guntert, P. / Petersen, S.B. / Valla, S. / Wimmer, R.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9761
ポリマ－16,9761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4 / Mannuronan epimerase 4 / R-module


分子量: 16976.012 Da / 分子数: 1 / 断片: R-module / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: R-module subunit from algE4 / プラスミド: pFA2 derivative of pTYB11 (NEB) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER 2566
参照: UniProt: Q44493, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy and torsion angles estimates from secondary chemical shifts using TALOS

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試料調製

詳細内容: 1.6mM R-module U-99% 13C; U-99% 15N, 50mM CaCl2, 20mM Na-HEPES(pH 6.9)
溶媒系: 5% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 0.17 / pH: 6.9 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1.5GUENTERT構造決定
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.1.13Bartelsデータ解析
TALOS98.040.21.02Cornilescuデータ解析
OPALp1.4KORADI, R., BILLETER, M., GUNTERT, P.構造決定
OPALp1.4KORADI, R., BILLETER, M., GUNTERT, P.精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, torsion angle dynamics, energy-minimisation
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1714 unique restraints, 1576 are NOE-derived distance constraints, 138 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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