[日本語] English
万見
- PDB-2ag9: Crystal Structure of the Y137S mutant of GM2-Activator Protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ag9
タイトルCrystal Structure of the Y137S mutant of GM2-Activator Protein
要素Ganglioside GM2 activator
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / conformational changes in mobile loop (W131 loop)
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport ...sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport / phospholipase activator activity / neuromuscular process controlling balance / lysosomal lumen / cytoplasmic side of plasma membrane / azurophil granule lumen / basolateral plasma membrane / learning or memory / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A, / Ganglioside GM2 activator / Ganglioside GM2 activator / GM2-AP, lipid-recognition domain superfamily / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / MYRISTIC ACID / Ganglioside GM2 activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Lee, S. / Rastinejad, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure Analysis of Phosphatidylcholine-GM2-Activator Product Complexes: Evidence for Hydrolase Activity.
著者: Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Lee, S. / Rastinejad, F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Human GM2- Activator Protein with a Novel beta-cup Topology
著者: Wright, C.S. / Li, S.C. / Rastinejad, F.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure Analysis of Lipid Complexes of GM2-Activator Protein
著者: Wright, C.S. / Zhao, Q. / Rastinejad, F.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Evidence for Lipid Packaging in the Crystal Structure of the GM2-Activator Complex with Platelet Activating Factor
著者: Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Rastinejad, F.
履歴
登録2005年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ganglioside GM2 activator
B: Ganglioside GM2 activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,57317
ポリマ－35,5032
非ポリマー1,07015
水5,026279
1
A: Ganglioside GM2 activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,35211
ポリマ－17,7511
非ポリマー60110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ganglioside GM2 activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2206
ポリマ－17,7511
非ポリマー4695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.490, 48.390, 55.590
Angle α, β, γ (deg.)76.16, 87.70, 87.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Ganglioside GM2 activator / GM2-AP


分子量: 17751.461 Da / 分子数: 2 / 変異: Y137S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GM2A / 器官: LIVER, BRAIN, NEURONS / プラスミド: pET16b (Novagen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17900
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: Peg 4000, Hepes buffer, isopropanol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.92015 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 28299 / Num. obs: 18838 / % possible obs: 66.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AG4

2ag4


解像度: 2.2→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1051432.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1377 8.4 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 16410 77.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.4487 Å2 / ksol: 0.21949 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.19 Å20.52 Å20.53 Å2
2--6.28 Å26.63 Å2
3----1.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 16 335 2835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 83 7.5 %
Rwork0.406 1025 -
obs--31.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3solvent_rep.paramsolvent.top
X-RAY DIFFRACTION4lpc_ola_myr_lau_epe.paramste_lpc_myr_lau_epe.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る