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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ag9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Y137S mutant of GM2-Activator Protein | ||||||
![]() | Ganglioside GM2 activator | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / conformational changes in mobile loop (W131 loop) | ||||||
機能・相同性 | ![]() sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport ...sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport / phospholipase activator activity / neuromuscular process controlling balance / lysosomal lumen / cytoplasmic side of plasma membrane / azurophil granule lumen / basolateral plasma membrane / learning or memory / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Lee, S. / Rastinejad, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of Phosphatidylcholine-GM2-Activator Product Complexes: Evidence for Hydrolase Activity. 著者: Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Lee, S. / Rastinejad, F. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human GM2- Activator Protein with a Novel beta-cup Topology 著者: Wright, C.S. / Li, S.C. / Rastinejad, F. #2: ![]() タイトル: Structure Analysis of Lipid Complexes of GM2-Activator Protein 著者: Wright, C.S. / Zhao, Q. / Rastinejad, F. #3: ![]() タイトル: Evidence for Lipid Packaging in the Crystal Structure of the GM2-Activator Complex with Platelet Activating Factor 著者: Wright, C.S. / Mi, L.Z. / Rastinejad, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17751.461 Da / 分子数: 2 / 変異: Y137S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IPA / #3: 化合物 | ChemComp-MYR / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: Peg 4000, Hepes buffer, isopropanol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92015 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 28299 / Num. obs: 18838 / % possible obs: 66.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 26 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AG4 解像度: 2.2→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1051432.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.4487 Å2 / ksol: 0.21949 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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