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万見
- PDB-2ag5: Crystal Structure of Human DHRS6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ag5
タイトルCrystal Structure of Human DHRS6
要素dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN-co-FACTOR complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ketone body biosynthetic process / Synthesis of Ketone Bodies / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / heme metabolic process / : / siderophore biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor ...ketone body biosynthetic process / Synthesis of Ketone Bodies / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / heme metabolic process / : / siderophore biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / fatty acid beta-oxidation / epithelial cell differentiation / NAD binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kunde, G. / Lukacik, P. / Papagrigoriou, E. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Characterization of human DHRS6, an orphan short chain dehydrogenase/reductase enzyme: a novel, cytosolic type 2 R-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
著者: Guo, K. / Lukacik, P. / Papagrigoriou, E. / Meier, M. / Lee, W.H. / Adamski, J. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月14日Group: Database references
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6
B: dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6
C: dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6
D: dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,28112
ポリマ－107,2434
非ポリマー3,0388
水15,637868
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18250 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area31590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.092, 62.055, 74.042
Angle α, β, γ (deg.)106.05, 105.95, 100.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A HOMOTETRAMER. CHAIN A CAN GENERATE THE REST OF THE BIOLOGICAL UNIT IF THE FOLLOWING OPERATIONS ARE APPLIED: 90.04 -39.50 180.0 25.11 30.35 65.64, 89.95 50.48 180.0 65.72 -54.12 65.63, 0.071 -7.82 179.98 90.69 -23.77 -0.076

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要素

#1: タンパク質
dehydrogenase/reductase (SDR family) member 6 / DHRS6


分子量: 26810.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHRS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUT1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulphate, Mes, PEG monomethylether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→66.67 Å / Num. all: 84879 / Num. obs: 76176 / % possible obs: 89.7 %
反射 シェル解像度: 1.84→1.9 Å / % possible all: 52.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→66.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.647 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22417 1464 1.9 %RANDOM
Rwork0.16691 ---
all0.16797 ---
obs0.16797 74714 89.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0.09 Å20.27 Å2
2---0.36 Å20.32 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→66.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7365 0 196 868 8429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0227771
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.98510569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925316460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2425997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36424.908326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25151312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1681547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.27420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.23883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.24224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0181.55078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3261.52032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42227860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50433133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5054.52703
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 46 -
Rwork0.204 3250 -
obs--52.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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