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万見
- PDB-2afj: SPRY domain-containing SOCS box protein 2 (SSB-2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2afj
タイトルSPRY domain-containing SOCS box protein 2 (SSB-2)
要素gene rich cluster, C9 gene
キーワードGENE REGULATION / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / cytosol
類似検索 - 分子機能
SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SPRY domain-containing SOCS box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Masters, S.L. / Yao, S. / Willson, T.A. / Zhang, J.G. / Palmer, K.R. / Smith, B.J. / Babon, J.J. / Nicola, N.A. / Norton, R.S. / Nicholson, S.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The SPRY domain of SSB-2 adopts a novel fold that presents conserved Par-4-binding residues
著者: Masters, S.L. / Yao, S. / Willson, T.A. / Zhang, J.G. / Palmer, K.R. / Smith, B.J. / Babon, J.J. / Nicola, N.A. / Norton, R.S. / Nicholson, S.E.
履歴
登録2005年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gene rich cluster, C9 gene


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8921
ポリマ－24,8921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 194structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 gene rich cluster, C9 gene / SPRY domain-containing SOCS box protein SSB-2


分子量: 24891.842 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain plus the SPRY domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ssb-2 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88838

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
131HNHA
1442D NOESY
1512D NOESY
1641H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Constrants for backbone Phi and Psi were also obtained from program TALOS using backbone chemical shifts.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM U-15N10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 2mM EDTA, 0.02%(w/w) sodium azide, 95% H2O, 5% D2O
20.6mM U-15N, 13C10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 2mM EDTA, 0.02%(w/w) sodium azide, 95% H2O, 5% D2O
31.0mM U-15N, 13C, 50% random 2H10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 2mM EDTA, 0.02%(w/w) sodium azide, 95% H2O, 5% D2O
40.4mM U-15N10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 2mM EDTA, 0.02%(w/w) sodium azide, 100% D2O
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker, Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker, Biospin解析
XEASY1.3Bartels et alデータ解析
CYANA1.0.6Guntert et al構造決定
X-PLOR2.9.3Schwieters構造決定
X-PLOR2.9.3Schwieters精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2074, 1738 are non-redundant NOE-derived distance constraints, 260 dihedral angle restraints, 76 distantce restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 194 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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