[日本語] English
万見
- PDB-2afi: Crystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2afi
タイトルCrystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex
要素
  • (Nitrogenase molybdenum-iron ...) x 2
  • Nitrogenase iron protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrogen fixation / Iron-sulfur / Metal-binding / Molybdenum
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER / FE(8)-S(7) CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Kaiser, J.T. / Mustafi, D. / Walton, M.Y. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Nitrogenase Complexes: Multiple Docking Sites for a Nucleotide Switch Protein
著者: Tezcan, F.A. / Kaiser, J.T. / Mustafi, D. / Walton, M.Y. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The Ca atom 2492 is associated with water molecules 9000, 9001, the Ca atom 4492 is ...HETEROGEN The Ca atom 2492 is associated with water molecules 9000, 9001, the Ca atom 4492 is associated with water molecules 9002, 9003, the Ca atom 6492 is associated with water molecules 9004, 9005 and the Ca atom 8492 is associated with water molecules 9006, 9007.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein
E: Nitrogenase iron protein 1
F: Nitrogenase iron protein 1
G: Nitrogenase iron protein 1
H: Nitrogenase iron protein 1
I: Nitrogenase molybdenum-iron protein
J: Nitrogenase molybdenum-iron protein
K: Nitrogenase molybdenum-iron protein
L: Nitrogenase molybdenum-iron protein
M: Nitrogenase iron protein 1
N: Nitrogenase iron protein 1
O: Nitrogenase iron protein 1
P: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)721,72952
ポリマ－709,88216
非ポリマー11,84636
水1448
1
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein
E: Nitrogenase iron protein 1
F: Nitrogenase iron protein 1
G: Nitrogenase iron protein 1
H: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,86426
ポリマ－354,9418
非ポリマー5,92318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Nitrogenase molybdenum-iron protein
J: Nitrogenase molybdenum-iron protein
K: Nitrogenase molybdenum-iron protein
L: Nitrogenase molybdenum-iron protein
M: Nitrogenase iron protein 1
N: Nitrogenase iron protein 1
O: Nitrogenase iron protein 1
P: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,86426
ポリマ－354,9418
非ポリマー5,92318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.915, 141.432, 165.549
Angle α, β, γ (deg.)73.69, 79.37, 76.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Nitrogenase molybdenum-iron ... , 2種, 8分子 ACIKBDJL

#1: タンパク質
Nitrogenase molybdenum-iron protein / Nitrogenase component I / Dinitrogenase


分子量: 55231.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: alpha chain / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質
Nitrogenase molybdenum-iron protein / Nitrogenase component I / Dinitrogenase


分子量: 59404.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: beta chain / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
タンパク質 , 1種, 8分子 EFGHMNOP

#3: タンパク質
Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase component II / Nitrogenase Fe protein 1 / Nitrogenase reductase


分子量: 31417.045 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00459, nitrogenase

-
非ポリマー , 8種, 44分子

#4: 化合物
ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物
ChemComp-CFN / FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER


分子量: 789.447 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoNS9
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG8000, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, ADP, Dithionite, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 97281 / Num. obs: 97281 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M1N, 2NIP

1m1n

2nip


解像度: 3.1→49.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2770509.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The residues in the coordinates with 0 occupancy were not located in the experiments
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 9711 10 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 97281 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.5046 Å2 / ksol: 0.27916 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.61 Å2-0.92 Å2-5.44 Å2
2--7.37 Å2-14.3 Å2
3---2.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48045 0 448 8 48501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.412.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.942.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.323
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 1210 9.2 %
Rwork0.294 11948 -
obs--70.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5n2ase.parn2ase.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る