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- PDB-2af4: Phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila co-crystall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2af4
タイトルPhosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila co-crystallized with coenzyme A
要素Phosphate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Pta dimer with one CoA ligand bound per monomer / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Phosphate acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina thermophila (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Ferry, J.G. / Schindelin, H.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Structural and functional studies suggest a catalytic mechanism for the phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila.
著者: Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Schindelin, H. / Ferry, J.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of phosphotransacetylase from the methanogenic archaeon Methanosarcina thermophila
著者: Iyer, P.P. / Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Rajashankar, K.R. / Yennawar, H.P. / Ferry, J.G. / Schindelin, H.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phosphate acetyltransferase
D: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0824
ポリマ－70,5472
非ポリマー1,5352
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.488, 116.488, 127.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Phosphate acetyltransferase / Phosphotransacetylase


分子量: 35273.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila (古細菌)
遺伝子: pta / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38503, phosphate acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, HEPES, Coenzyme A, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月29日 / 詳細: doubly focusing toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→20 Å / Num. all: 46290 / Num. obs: 45391 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.147→2.19 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZT

1qzt


解像度: 2.147→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.715 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27228 2356 5.2 %RANDOM
Rwork0.20297 ---
obs0.20646 43035 98.06 %-
all-46290 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---2.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.147→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4918 0 96 272 5286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7612.0096901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9311117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1585661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.06426.111180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.49915880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8481514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.25329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8371.54206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1851.51344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09125294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01232011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1264.51607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.147→2.202 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 182 -
Rwork0.284 3018 -
obs--94.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77780.60740.24414.37330.9241.99160.07750.2897-0.2733-0.60350.1342-0.46360.03410.1847-0.21160.09110.0736-0.1747-0.0485-0.1861-0.167134.17231.6075-12.8142
22.0106-0.87820.09995.6959-0.67213.16260.15-0.0919-0.01850.09020.2980.13970.12270.2866-0.4479-0.3508-0.0193-0.2081-0.3002-0.0193-0.335729.191755.27086.4434
35.62381.5215-4.97266.22261.82327.8304-0.01260.2908-0.0751-1.22880.1823-0.65890.02170.3845-0.1696-0.00740.0528-0.2079-0.1607-0.1584-0.227436.311241.2272-8.122
46.2747-1.1099-1.22287.34752.17034.6610.1026-1.80510.56511.32770.04890.2567-0.59120.0242-0.15150.2376-0.01850.00620.39220.00740.1810.02789.2714.0973
54.0771-1.57180.0937.5698-2.00634.23640.19560.3366-0.4361-1.17690.40991.43880.4373-0.2747-0.6055-0.1955-0.0724-0.3705-0.25480.15180.006614.976466.2521-6.7121
63.7721-1.4505-3.793619.24941.92714.6782-0.1531-1.12250.17090.88750.57850.0628-0.61490.3069-0.4255-0.1851-0.00410.0068-0.04940.1959-0.050414.634183.94146.1213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CA2 - 1502 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2CA151 - 295151 - 295
3X-RAY DIFFRACTION3CA296 - 333296 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4DB2 - 1502 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5DB151 - 295151 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6DB296 - 332296 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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