PDB-2af3: Phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila soaked with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2af3

タイトル

Phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila soaked with Coenzyme A

要素

Phosphate acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Pta dimer soaked with Coenzyme A / acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina thermophila (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Ferry, J.G. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Structural and functional studies suggest a catalytic mechanism for the phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila.
著者: Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Schindelin, H. / Ferry, J.G.

履歴

登録	2005年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2af3.cif.gz	266.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2af3.ent.gz	220.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2af3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2af3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2af3_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2af3_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	2af3_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2af4C 1qztS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2af4-d 6iox-d 1qzt-1 1xco-3 1td9-1 1qzt-2 1xco-1 1r5j-d 1td9-3 2qzx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Phosphate acetyltransferase

D: Phosphate acetyltransferase

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.469, 114.469, 127.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Phosphate acetyltransferase / Phosphotransacetylase 分子量: 35257.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila (古細菌) 遺伝子: pta / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38503, phosphate acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月6日 / 詳細: doubly focusing toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 25264 / Num. obs: 23999 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.725 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZT

1qzt

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 29.044 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.876 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29017	1215	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21545	-	-	-
obs	0.21915	22784	94.99 %	-
all	-	25264	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4925	0	149	47	5121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.61	2.019	6991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.558	5	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.394	26.111	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.308	15	886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.98	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.439	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.931	2	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.572	3	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.473	4.5	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.47	82	-
R_work	0.338	1700	-
obs	-	-	96.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.124	0.6355	0.0108	3.7255	0.0802	4.8179	0.0432	0.3284	-0.3408	-0.0498	-0.0953	-0.2206	0.5504	0.5115	0.0521	-0.2633	0.0179	-0.0986	-0.0809	-0.0489	-0.5523	33.768	28.8256	-12.7277
2	21.4535	-4.665	3.5445	28.3246	16.1436	11.0614	-1.2897	-2.8853	-0.9853	2.3236	1.0555	1.4117	2.4489	0.2263	0.2342	0.2082	0.0159	-0.1124	-0.0163	0.1078	-0.5534	25.7125	35.0348	3.8637
3	4.1969	-1.1235	0.599	5.3619	-0.9404	3.0681	-0.4608	-0.0939	0.85	0.3225	0.3528	0.0978	-0.2402	0.137	0.108	-0.283	-0.0336	-0.2972	-0.3515	0.0076	-0.2511	28.0615	54.3053	6.4313
4	2.154	2.5507	-0.9336	4.6683	0.3122	8.401	0.0518	0.3088	0.0684	0.045	-0.2751	-0.5461	-0.1301	0.8285	0.2233	-0.3438	-0.0341	-0.1126	-0.1271	0.0183	-0.4691	35.4466	38.8393	-7.255
5	3.8876	-2.1343	-2.0495	5.7202	2.2588	8.2648	-0.073	-1.794	0.5154	0.8529	0.1181	0.1885	-0.7495	0.3401	-0.0451	0.4254	-0.0728	-0.3906	0.6601	-0.0738	0.8304	9.7523	87.9956	14.2414
6	14.4401	-1.4598	-1.5327	6.815	7.4635	8.1739	-0.7997	-0.9315	1.4691	1.1869	-0.5622	0.4606	-1.4106	-1.6451	1.3619	0.4485	0.0528	-0.1149	0.2458	-0.0377	0.8328	1.3586	74.654	3.0233
7	4.0307	-3.8036	1.123	7.3426	-1.2225	2.9806	-0.1755	0.5077	0.7046	-0.6771	0.0635	0.6136	-0.1801	-0.2291	0.112	-0.1794	-0.1268	-0.3973	-0.1921	0.2534	0.1143	14.8739	65.0043	-7.689
8	3.3873	1.0428	-5.2464	11.755	2.1685	9.378	-0.0282	-0.4306	0.0612	0.4154	0.2851	-0.6211	-0.5845	0.875	-0.2569	0.1248	-0.0145	-0.3975	0.0008	0.1151	0.7788	13.823	82.2729	4.2372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	A	2 - 138	2 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	A	139 - 150	139 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	A	151 - 295	151 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	A	296 - 333	296 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	B	2 - 138	2 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	B	139 - 150	139 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	B	151 - 295	151 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	B	296 - 333	296 - 333

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)