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Yorodumi- PDB-2af3: Phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila soaked with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2af3 | ||||||
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Title | Phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila soaked with Coenzyme A | ||||||
Components | Phosphate acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Pta dimer soaked with Coenzyme A / acyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanosarcina thermophila (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Ferry, J.G. / Schindelin, H. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2006 Title: Structural and functional studies suggest a catalytic mechanism for the phosphotransacetylase from Methanosarcina thermophila. Authors: Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Schindelin, H. / Ferry, J.G. #1: Journal: Structure / Year: 2004 Title: Crystal structure of phosphotransacetylase from the methanogenic archaeon Methanosarcina thermophila Authors: Iyer, P.P. / Lawrence, S.H. / Luther, K.B. / Rajashankar, K.R. / Yennawar, H.P. / Ferry, J.G. / Schindelin, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2af3.cif.gz | 266.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2af3.ent.gz | 220.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2af3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2af3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2af3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 2af3_validation.xml.gz | 29.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2af3_validation.cif.gz | 39.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2af4C 1qztS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35257.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanosarcina thermophila (archaea) / Gene: pta / Plasmid: pT7-7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P38503, phosphate acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 57.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X26C / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: May 6, 2004 / Details: doubly focusing toroidal mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→20 Å / Num. all: 25264 / Num. obs: 23999 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 26.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 91.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QZT Resolution: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 29.044 / SU ML: 0.303 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.876 / ESU R Free: 0.371 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.55 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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