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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aet | ||||||
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タイトル | R304K trichodiene synthase: Complex with Mg, pyrophosphate, and (4S)-7-azabisabolene | ||||||
要素 | Trichodiene synthase | ||||||
キーワード | LYASE / pyrophosphate / terpenoid synthase fold / site-directed mutagenesis / (4S)-7-azabisabolene | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trichodiene synthase / sesquiterpenoid biosynthetic process / trichodiene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fusarium sporotrichioides (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vedula, L.S. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Role of arginine-304 in the diphosphate-triggered active site closure mechanism of trichodiene synthase. 著者: Vedula, L.S. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aet.cif.gz | 155.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aet.ent.gz | 124 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aet.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aet | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44022.586 Da / 分子数: 2 / 変異: R304K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium sporotrichioides (菌類) / 遺伝子: TRI5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13513, trichodiene synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-POP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG 8000, Sodium HEPES, Calcium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→60 Å / Num. obs: 30895 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3126 / % possible all: 91.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1JFG 解像度: 2.75→60 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESIDUES IN PDB ENTRY THAT HAVE OCCUPANCY ZERO WERE REFINED AS ALANINES. SAZ not included in the final model due to multiple conformations.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→60 Å
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拘束条件 |
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