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万見
- PDB-2adb: Solution structure of Polypyrimidine Tract Binding protein RBD2 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2adb
タイトルSolution structure of Polypyrimidine Tract Binding protein RBD2 complexed with CUCUCU RNA
要素
  • 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
  • Polypyrimidine tract-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RBD / RRM / Protein-RNA Complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / regulation of cell differentiation ...negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / regulation of cell differentiation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA processing / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Polypyrimidine tract-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Oberstrass, F.C. / Auweter, S.D. / Erat, M. / Hargous, Y. / Henning, A. / Wenter, P. / Reymond, L. / Pitsch, S. / Black, D.L. / Allain, F.H.T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of PTB bound to RNA: specific binding and implications for splicing regulation
著者: Oberstrass, F.C. / Auweter, S.D. / Erat, M. / Hargous, Y. / Henning, A. / Wenter, P. / Reymond, L. / Amir-Ahmady, B. / Pitsch, S. / Black, D.L. / Allain, F.H.T.
履歴
登録2005年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Polypyrimidine tract-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1682
ポリマ－18,1682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'


分子量: 1789.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#2: タンパク質 Polypyrimidine tract-binding protein 1 / PTB / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein I / hnRNP I / 57 kDa RNA-binding protein PPTB-1


分子量: 16378.537 Da / 分子数: 1 / Fragment: RBD2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTB-1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+RIL / 参照: UniProt: P26599

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
1232D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1423D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM PTB RBD2 15N, 13C; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl90% H2O/10% D2O
21.5mM PTB RBD2 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl90% H2O/10% D2O
31.5mM PTB RBD2 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl100% D2O
試料状態イオン強度: 30mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
Sparky3Goddardデータ解析
DYANA3.02Guentert構造決定
Amber7Case精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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