ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.25→19.86 Å / Rfactor Rfree error : 0.007 / Data cutoff high absF : 261272.18 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.274 1694 5 % RANDOM Rwork 0.227 - - - obs - 33948 95.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 47.1397 Å2 / ksol : 0.346042 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 33.7 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.82 Å2 0 Å2 3.25 Å2 2- - 4.95 Å2 0 Å2 3- - - -4.12 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.37 Å 0.27 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.3 Å 0.18 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.25→19.86 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2860 0 25 150 3035
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d24.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.64 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error : 0.018 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.296 270 4.9 % Rwork 0.229 5230 - obs - - 92.9 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 3 ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION 4 peg.parpeg.top