[日本語] English
万見
- PDB-2ab3: Solution structures and characterization of HIV RRE IIB RNA targe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ab3
タイトルSolution structures and characterization of HIV RRE IIB RNA targeting zinc finger proteins
要素ZNF29
キーワードRNA BINDING PROTEIN / zinc finger protein / beta beta alpha / RREIIB-TR
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Mishra, S.H. / Shelley, C.M. / Darby, M.K. / Germann, M.W.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2006
タイトル: Solution structures and characterization of human immunodeficiency virus Rev responsive element IIB RNA targeting zinc finger proteins.
著者: Mishra, S.H. / Shelley, C.M. / Barrow, D.J. / Darby, M.K. / Germann, M.W.
履歴
登録2005年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999 SEQUENCE THE SEQUENCE HAS NOT YET BEEN DEPOSITED IN ANY DATABASE

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ZNF29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6232
ポリマ－3,5571
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ZNF29


分子量: 3557.146 Da / 分子数: 1 / 断片: Single Zinc Finger Protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
Plasmid details: Designed zinc finger protein by Phage display
プラスミド: pET32b(+)Ek/Lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 plysS (Novagen)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
141E-COSY
15213 C HSQC
16315 N HSQC
173HMQC NOESY
183HMQC TOCSY
NMR実験の詳細Text: 13 C HSQC done at natural abundance

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM ZNF29; 10 mM phosphate buffer pH 6.8, 2mM Mercaptoethanol, 200 uM Sodium Azide, 50 uM Zinc Sulfate, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM ZNF29; 10 mM phosphate buffer pH *6.4, 2mM Mercaptoethanol, 200 uM Sodium Azide, 50 uM Zinc Sulfate,"100%" D2O100% D2O
31.2 mM ZNF29 15N; 10 mM phosphate buffer pH 6.8, 2mM Mercaptoethanol, 200 uM Sodium Azide, 50 uM Zinc Sulfate, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: ~ 35 mM / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Bruker Analytik GmbHcollection
Sparky3Goddard, T.D.データ解析
DYANA1.5Guentert, P.精密化
Amber7Case et al精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 316 restraints, 249 are NOE-derived distance restraints, 43 dihedral angle restraints, 16 distance restraints from hydrogen bonds, 8 distance constraints ...詳細: The structure is based on a total of 316 restraints, 249 are NOE-derived distance restraints, 43 dihedral angle restraints, 16 distance restraints from hydrogen bonds, 8 distance constraints from coordinated Zinc ion.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る