[日本語] English
万見
- PDB-2ab1: X-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ab1
タイトルX-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870
要素hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HS.95870 / DUF498 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fat cell differentiation / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mth938 domain-containing protein / Hypothetical Protein Mth938; Chain: A, / MTH938-like / NDUFAF3/Mth938 domain-containing protein / MTH938-like superfamily / Protein of unknown function (DUF498/DUF598) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mth938 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2005年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8002
ポリマ－26,8002
非ポリマー00
水1,874104
1
A: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4001
ポリマ－13,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4001
ポリマ－13,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.912, 57.731, 89.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 122 / Label seq-ID: 1 - 122

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 13399.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HS.95870 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9H7C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.100 M SODIUM SUCCINATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, pH 4.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97924
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.4 % / 数: 7727 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.017 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.415099.510.0691.0737
5.096.4110010.0771.0857.8
4.455.0910010.0680.9318
4.044.4510010.0781.0457.9
3.754.0410010.0870.9728.1
3.533.7510010.0951.0498.1
3.353.5310010.1171.0938.2
3.213.3510010.1321.0338.1
3.083.2110010.1521.0868.1
2.983.0810010.2111.0417.9
2.882.9810010.2031.0227.5
2.82.8899.610.2260.9246.9
2.732.89910.2530.956.4
2.662.7396.710.3290.8395.7
2.62.6691.610.3631.0314.9
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 7727 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.348
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.748 / % possible all: 91.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.99 Å / D res low: 44.61 Å / FOM : 0.236 / FOM acentric: 0.275 / FOM centric: 0 / 反射: 3850
Phasing MAD setR cullis: 0.781 / R cullis acentric: 0.724 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.024 / R kraut acentric: 0.024 / R kraut centric: 0.021 / 最高解像度: 3.99 Å / 最低解像度: 44.61 Å / FOM : 0.235 / FOM acentric: 0.275 / FOM centric: 0 / Loc: 1.786 / Loc acentric: 1.793 / Loc centric: 1.777 / Power: 1.244 kW / Power acentric: 1.22 / Power centric: 1.382
Phasing MAD set波長: 0.97924 Å / Atom type: SE / F double prime refined: 0.5 / F prime refined: -11
Phasing MAD set shell

ID: f_peak_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)R cullisR cullis acentricR krautR kraut acentricR kraut centricFOM FOM acentricLocLoc acentricLoc centricPower (kW)Power acentricPower centric
7.97-44.610.6440.5490.0240.0230.0270.3160.4351.6591.6691.6961.9561.9471.979
6.33-7.970.6560.5990.0340.0340.0330.3160.3781.5881.5921.6091.8321.8121.926
5.53-6.330.6650.6130.030.0320.0210.3090.3641.7361.7391.7541.4381.4491.375
5.03-5.530.8040.7530.0250.0260.0180.2490.2841.8371.8371.8371.1371.1550.999
4.67-5.030.8590.8050.0210.0220.0150.1890.2151.8541.8561.8690.960.9710.873
4.39-4.670.8850.8310.0190.0190.0130.1750.1981.8461.8481.8620.8730.870.899
4.17-4.390.9260.8830.0220.0220.0160.1670.1841.8831.8831.8830.7610.7630.737
3.99-4.170.9340.8770.0220.0230.0110.1520.1721.8951.8981.9130.6920.6930.684
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-2.40088-46.27820.127685SE58.64061
2-10.2596-39.1714-44.157SE66.97041
3-1.5464-43.6926-7.15644SE86.34671
4-11.6346-41.2002-51.8466SE82.33391
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射
7.97-44.610.31650.43430494
6.33-7.970.3140.37540477
5.53-6.330.30980.36390491
5.03-5.530.24830.2830473
4.67-5.030.18860.21420495
4.39-4.670.18020.20370486
4.17-4.390.17360.19050472
3.99-4.170.14930.16870462
Phasing dmFOM : 0.63 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.6 / 反射: 7653 / Reflection acentric: 6327 / Reflection centric: 1326
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.4-44.5970.780.850.68376222154
4.6-7.40.780.820.681061808253
3.7-4.60.840.850.7712951054241
3.3-3.70.740.760.6712951093202
2.8-3.30.540.540.5122771964313
2.6-2.80.290.30.2513491186163

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.59→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 20.975 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 408 5.4 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.197 7175 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 0 104 1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.9472460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2835231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10324.49369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30315320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.425159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6491.51173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1221865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8323739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8534.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
448tight positional0.080.05
402medium positional0.440.5
448tight thermal0.140.5
402medium thermal0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 31 -
Rwork0.275 431 -
obs--84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26430.10541.70223.5078-0.49435.75930.0220.03210.0049-0.0894-0.01120.13950.1714-0.1651-0.0108-0.0758-0.00360.0016-0.0885-0.0107-0.098918.0914.34554.479
26.07430.88371.60864.5907-0.46645.7454-0.1573-0.14010.1393-0.19330.05240.3247-0.3408-0.52410.1049-0.00730.0602-0.0182-0.0617-0.0258-0.10438.388-14.94555.128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1221 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1221 - 122

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る