PDB-2ab1: X-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ab1

タイトル

X-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HS.95870 / DUF498 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of fat cell differentiation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structure of Gene Product from Homo Sapiens HS.95870
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

履歴

登録	2005年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ab1.cif.gz	57.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ab1.ent.gz	43.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ab1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ab1_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ab1_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	2ab1_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	2ab1_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2q4q-1 2xki-d 1txx-d 2fch-4 6hpj-d 6g62-d 1dzd-d 4f6b-d 3d9y-2 2fd3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.33759

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

登録者が定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein

登録者が定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.912, 57.731, 89.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: CYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 122 / Label seq-ID: 1 - 122

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 13399.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HS.95870 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9H7C9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.100 M SODIUM SUCCINATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, pH 4.00

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97924

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.4 % / 数: 7727 / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.017 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.41	50	99.5	1	0.069	1.073	7
5.09	6.41	100	1	0.077	1.085	7.8
4.45	5.09	100	1	0.068	0.931	8
4.04	4.45	100	1	0.078	1.045	7.9
3.75	4.04	100	1	0.087	0.972	8.1
3.53	3.75	100	1	0.095	1.049	8.1
3.35	3.53	100	1	0.117	1.093	8.2
3.21	3.35	100	1	0.132	1.033	8.1
3.08	3.21	100	1	0.152	1.086	8.1
2.98	3.08	100	1	0.211	1.041	7.9
2.88	2.98	100	1	0.203	1.022	7.5
2.8	2.88	99.6	1	0.226	0.924	6.9
2.73	2.8	99	1	0.253	0.95	6.4
2.66	2.73	96.7	1	0.329	0.839	5.7
2.6	2.66	91.6	1	0.363	1.031	4.9

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 7727 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.348

反射シェル

解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.748 / % possible all: 91.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.99 Å / D res low: 44.61 Å / FOM : 0.236 / FOM acentric: 0.275 / FOM centric: 0 / 反射: 3850

Phasing MAD set

R cullis: 0.781 / R cullis acentric: 0.724 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.024 / R kraut acentric: 0.024 / R kraut centric: 0.021 / 最高解像度: 3.99 Å / 最低解像度: 44.61 Å / FOM : 0.235 / FOM acentric: 0.275 / FOM centric: 0 / Loc: 1.786 / Loc acentric: 1.793 / Loc centric: 1.777 / Power: 1.244 kW / Power acentric: 1.22 / Power centric: 1.382

Phasing MAD set

波長: 0.97924 Å / Atom type: SE / F double prime refined: 0.5 / F prime refined: -11

Phasing MAD set shell

ID: f_peak_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Loc centric	Power (kW)	Power acentric	Power centric
7.97-44.61	0.644	0.549	0.024	0.023	0.027	0.316	0.435	1.659	1.669	1.696	1.956	1.947	1.979
6.33-7.97	0.656	0.599	0.034	0.034	0.033	0.316	0.378	1.588	1.592	1.609	1.832	1.812	1.926
5.53-6.33	0.665	0.613	0.03	0.032	0.021	0.309	0.364	1.736	1.739	1.754	1.438	1.449	1.375
5.03-5.53	0.804	0.753	0.025	0.026	0.018	0.249	0.284	1.837	1.837	1.837	1.137	1.155	0.999
4.67-5.03	0.859	0.805	0.021	0.022	0.015	0.189	0.215	1.854	1.856	1.869	0.96	0.971	0.873
4.39-4.67	0.885	0.831	0.019	0.019	0.013	0.175	0.198	1.846	1.848	1.862	0.873	0.87	0.899
4.17-4.39	0.926	0.883	0.022	0.022	0.016	0.167	0.184	1.883	1.883	1.883	0.761	0.763	0.737
3.99-4.17	0.934	0.877	0.022	0.023	0.011	0.152	0.172	1.895	1.898	1.913	0.692	0.693	0.684

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-2.40088	-46.2782	0.127685	SE	58.6406	1
2	-10.2596	-39.1714	-44.157	SE	66.9704	1
3	-1.5464	-43.6926	-7.15644	SE	86.3467	1
4	-11.6346	-41.2002	-51.8466	SE	82.3339	1

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射
7.97-44.61	0.3165	0.4343	494
6.33-7.97	0.314	0.3754	477
5.53-6.33	0.3098	0.3639	491
5.03-5.53	0.2483	0.283	473
4.67-5.03	0.1886	0.2142	495
4.39-4.67	0.1802	0.2037	486
4.17-4.39	0.1736	0.1905	472
3.99-4.17	0.1493	0.1687	462

Phasing dm

FOM : 0.63 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.6 / 反射: 7653 / Reflection acentric: 6327 / Reflection centric: 1326

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-44.597	0.78	0.85	0.68	376	222	154
4.6-7.4	0.78	0.82	0.68	1061	808	253
3.7-4.6	0.84	0.85	0.77	1295	1054	241
3.3-3.7	0.74	0.76	0.67	1295	1093	202
2.8-3.3	0.54	0.54	0.51	2277	1964	313
2.6-2.8	0.29	0.3	0.25	1349	1186	163

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.59→48.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 20.975 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	408	5.4 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.197	7175	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1784	0	0	104	1888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.947	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.283	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.103	24.493	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.303	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.425	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.649	1.5	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.12	2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.832	3	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.853	4.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
448	tight positional	0.08	0.05
402	medium positional	0.44	0.5
448	tight thermal	0.14	0.5
402	medium thermal	0.9	2

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.521	31	-
R_work	0.275	431	-
obs	-	-	84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2643	0.1054	1.7022	3.5078	-0.4943	5.7593	0.022	0.0321	0.0049	-0.0894	-0.0112	0.1395	0.1714	-0.1651	-0.0108	-0.0758	-0.0036	0.0016	-0.0885	-0.0107	-0.0989	18.09	14.345	54.479
2	6.0743	0.8837	1.6086	4.5907	-0.4664	5.7454	-0.1573	-0.1401	0.1393	-0.1933	0.0524	0.3247	-0.3408	-0.5241	0.1049	-0.0073	0.0602	-0.0182	-0.0617	-0.0258	-0.1043	8.388	-14.945	55.128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 122	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 122	1 - 122

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新型コロナ情報

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