+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aaj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structures of the Wild-type, Mutant-P1A and Inactivated Malonate Semialdehyde Decarboxylase: A Structural Basis for the Decarboxylase and Hydratase Activities | ||||||
要素 | Malonate Semialdehyde Decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / tautomerase superfamily / beta-alpha-beta / homotrimeric | ||||||
機能・相同性 | Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Malonate semialdehyde decarboxylase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas pavonaceae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Almrud, J.J. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Serrano, H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Crystal Structures of the Wild-Type, P1A Mutant, and Inactivated Malonate Semialdehyde Decarboxylase: A Structural Basis for the Decarboxylase and Hydratase Activities 著者: Almrud, J.J. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Serrano, H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aaj.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2aaj.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aaj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aaj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 129 / Label seq-ID: 1 - 129
| ||||||||||||||||||
詳細 | The biological unit is a homotrimer. In this crystal form two independent monomers comprise the asymmetric unit. The biological assembly is generated by the crystallographic symmetry operator |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14112.889 Da / 分子数: 2 / 変異: P1A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア) 株: 170 / 遺伝子: orf130 / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9EV83, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.8 M Li(CH3COO), 0.7 M (NH4)2SO4, and 100 mM sodium citrate buffer (pH 5.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→29.4 Å / Num. all: 12097 / Num. obs: 11976 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique all: 1188 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: wildtype MSAD 解像度: 2.74→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.306 / SU ML: 0.182 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→29.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 986 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20 /
|