+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aaa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CALCIUM BINDING IN ALPHA-AMYLASES: AN X-RAY DIFFRACTION STUDY AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION OF TWO ENZYMES FROM ASPERGILLUS | ||||||
要素 | ALPHA-AMYLASE | ||||||
キーワード | GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-amylase activity => GO:0004556 / alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Calcium binding in alpha-amylases: an X-ray diffraction study at 2.1-A resolution of two enzymes from Aspergillus. 著者: Boel, E. / Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z. / Dodson, G.G. / Jensen, V.J. / Petersen, S.B. / Swift, H. / Thim, L. / Woldike, H.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aaa.cif.gz | 118.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2aaa.ent.gz | 83.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2aaa_validation.pdf.gz | 397.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2aaa_full_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2aaa_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2aaa_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aaa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 139 AND PRO 341 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52965.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P56271, alpha-amylase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % |
---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / PH range low: 4 / PH range high: 3 |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: PEG8000 |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.12→7 Å / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→7 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |