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万見
- PDB-2a9i: Molecular Structure of the Interleukin-1 Receptor-Associated Kina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a9i
タイトルMolecular Structure of the Interleukin-1 Receptor-Associated Kinase-4 Death Domain
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase-4
キーワードTRANSFERASE / hexahelical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


PIP3 activates AKT signaling / Interleukin-1 signaling / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity / interleukin-1-mediated signaling pathway / JNK cascade ...PIP3 activates AKT signaling / Interleukin-1 signaling / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity / interleukin-1-mediated signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lasker, M.V. / Gajjar, M.M. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2005
タイトル: Cutting Edge: Molecular Structure of the IL-1R-Associated Kinase-4 Death Domain and Its Implications for TLR Signaling.
著者: Lasker, M.V. / Gajjar, M.M. / Nair, S.K.
履歴
登録2005年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7202
ポリマ－12,6651
非ポリマー551
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.152, 38.043, 51.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-115-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase-4 / IRAK-4


分子量: 12664.657 Da / 分子数: 1 / 断片: Death Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irak4 / プラスミド: pGEX6p1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8R4K2, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350, 10 mM MnCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B10.97888
シンクロトロンAPS 32-ID20.91947, 0.91919, 0.91270
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年10月29日
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978881
20.919471
30.919191
40.91271
反射解像度: 1.7→18 Å / Num. obs: 13974

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.761 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22255 993 7.1 %RANDOM
Rwork0.17673 ---
obs0.17982 12981 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.903 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-0.62 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数823 0 1 145 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.991150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3035104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74424.28635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28615139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.909155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2610.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2451.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9682855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.353341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1514.5295
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 71 -
Rwork0.231 916 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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