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- PDB-2a92: Crystal structure of lactate dehydrogenase from Plasmodium vivax:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a92
タイトルCrystal structure of lactate dehydrogenase from Plasmodium vivax: complex with NADH
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / : / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Fairweather, V. / Conners, R. / Joseph-Horne, T. / Turgut-Balik, D. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structure of Lactate Dehydrogenase from Plasmodium vivax: Complexes with NADH and APADH.
著者: Chaikuad, A. / Fairweather, V. / Conners, R. / Joseph-Horne, T. / Turgut-Balik, D. / Brady, R.L.
履歴
登録2005年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
B: L-lactate dehydrogenase
C: L-lactate dehydrogenase
D: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4968
ポリマ－139,8344
非ポリマー2,6624
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.593, 128.636, 130.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer and is the same as the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase


分子量: 34958.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: LDH / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: GenBank: 66967948, UniProt: Q4PRK9*PLUS, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 5000 monoethylether, Ammonium Sulphate, Mes, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月24日
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→91.29 Å / Num. all: 98204 / Num. obs: 98204 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 9595 / Num. unique all: 9639 / Χ2: 0.675 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1T2C

1t2c


解像度: 2.04→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.82 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 4299 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.197 90148 --
obs0.197 85849 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9596 0 176 480 10252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5252.00213490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.11251262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52926.164365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.824151801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0511524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.26747
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.56500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08210162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.933889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7524.53327
LS精密化 シェル解像度: 2.042→2.095 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 276 -
Rwork0.223 5508 -
all-5784 -
obs--90.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47130.1917-0.01011.18220.41240.91560.0847-0.01080.0897-0.029-0.04140.0785-0.0901-0.0264-0.0433-0.26640.00240.0221-0.10250.0054-0.1363-17.719-0.06918.839
20.61860.08870.25360.01270.0370.80910.03310.0022-0.00050.1033-0.0125-0.02820.02950.2156-0.02060-0.00010-0.000100-7.4246.76324.209
30.72640.19640.02550.85850.31640.80640.06990.02220.1267-0.0155-0.03730.1119-0.0772-0.0175-0.0326-0.2334-0.0030.0274-0.11140.0028-0.1236-17.457-0.18518.892
40.64830.2850.07490.78150.23080.69890.05230.01530.1911-0.0183-0.03020.126-0.0682-0.0148-0.0221-0.22540.00530.0229-0.1130.0016-0.0849-17.44-0.518.957
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA21 - 984 - 79
21BB21 - 984 - 79
31CC21 - 984 - 79
41DD21 - 984 - 79
52AA99 - 11680 - 101
62BB99 - 11680 - 101
72CC99 - 11680 - 101
82DD99 - 11680 - 101
93AA117 - 285102 - 272
103BB117 - 285102 - 272
113CC117 - 285102 - 272
123DD117 - 285102 - 272
134AA286 - 330273 - 316
144BB286 - 329273 - 315
154CC288 - 330275 - 316
164DD286 - 329273 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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