PDB-2a81: carboxymethylproline synthase (CarB) from pectobacterium carotovo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a81

タイトル

carboxymethylproline synthase (CarB) from pectobacterium carotovora, complexed with acetyl CoA and bicine

要素

CarB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / carbapenem / carbapenam / crotonase / antibiotic / beta-lactam / bicine / acetyl coenzyme a

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxymethylproline synthase / antibiotic biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium carotovorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Sleeman, M.C. / Sorensen, J.L. / Batchelar, E.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Carboxymethylproline Synthase (CarB), a Unique Member of the Crotonase Superfamily Catalyzing the First Step in Carbapenem Biosynthesis.
著者: Sleeman, M.C. / Sorensen, J.L. / Batchelar, E.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2005年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	2a7kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a7k-2 2a7k-3 2a7k-1 3l3s-4 5u8o-1 2r8x-5 2z0r-8 4fn7-d 4fnb-1 3r6h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CarB

B: CarB

C: CarB

ヘテロ分子

83.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.605, 139.605, 78.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	MET	MET	1	A	A	1	1
2	1	1	MET	MET	MET	MET	1	B	B	1	1
3	1	1	MET	MET	MET	MET	1	C	C	1	1
4	2	1	VAL	VAL	PHE	PHE	5	A	A	2 - 3	2 - 3
5	2	1	VAL	VAL	PHE	PHE	5	B	B	2 - 3	2 - 3
6	2	1	VAL	VAL	PHE	PHE	5	C	C	2 - 3	2 - 3
7	3	1	GLU	GLU	GLU	GLU	1	A	A	4	4
8	3	1	GLU	GLU	GLU	GLU	1	B	B	4	4
9	3	1	GLU	GLU	GLU	GLU	1	C	C	4	4
10	4	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	A	A	5	5
11	4	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	B	B	5	5
12	4	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	C	C	5	5
13	5	1	ASN	ASN	LEU	LEU	1	A	A	6 - 15	6 - 15
14	5	1	ASN	ASN	LEU	LEU	1	B	B	6 - 15	6 - 15
15	5	1	ASN	ASN	LEU	LEU	1	C	C	6 - 15	6 - 15
16	6	1	ASP	ASP	ASP	ASP	5	A	A	16	16
17	6	1	ASP	ASP	ASP	ASP	5	B	B	16	16
18	6	1	ASP	ASP	ASP	ASP	5	C	C	16	16
19	7	1	HIS	HIS	ASN	ASN	1	A	A	17 - 19	17 - 19
20	7	1	HIS	HIS	ASN	ASN	1	B	B	17 - 19	17 - 19
21	7	1	HIS	HIS	ASN	ASN	1	C	C	17 - 19	17 - 19
22	8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	5	A	A	20	20
23	8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	5	B	B	20	20
24	8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	5	C	C	20	20
25	9	1	HIS	HIS	SER	SER	1	A	A	21 - 25	21 - 25
26	9	1	HIS	HIS	SER	SER	1	B	B	21 - 25	21 - 25
27	9	1	HIS	HIS	SER	SER	1	C	C	21 - 25	21 - 25
28	10	1	ARG	ARG	ARG	ARG	5	A	A	26	26
29	10	1	ARG	ARG	ARG	ARG	5	B	B	26	26
30	10	1	ARG	ARG	ARG	ARG	5	C	C	26	26
31	11	1	THR	THR	LEU	LEU	1	A	A	27 - 28	27 - 28
32	11	1	THR	THR	LEU	LEU	1	B	B	27 - 28	27 - 28
33	11	1	THR	THR	LEU	LEU	1	C	C	27 - 28	27 - 28
34	12	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	A	A	29	29
35	12	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	29	29
36	12	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	C	C	29	29
37	13	1	THR	THR	ASP	ASP	1	A	A	30 - 42	30 - 42
38	13	1	THR	THR	ASP	ASP	1	B	B	30 - 42	30 - 42
39	13	1	THR	THR	ASP	ASP	1	C	C	30 - 42	30 - 42
40	14	1	ASP	ASP	ASP	ASP	6	A	A	43	43
41	14	1	ASP	ASP	ASP	ASP	6	B	B	43	43
42	14	1	ASP	ASP	ASP	ASP	6	C	C	43	43
43	15	1	SER	SER	VAL	VAL	1	A	A	44 - 45	44 - 45
44	15	1	SER	SER	VAL	VAL	1	B	B	44 - 45	44 - 45
45	15	1	SER	SER	VAL	VAL	1	C	C	44 - 45	44 - 45
46	16	1	ARG	ARG	PHE	PHE	4	A	A	56 - 58	56 - 58
47	16	1	ARG	ARG	PHE	PHE	4	B	B	56 - 58	56 - 58
48	16	1	ARG	ARG	PHE	PHE	4	C	C	56 - 58	56 - 58
49	17	1	ARG	ARG	ILE	ILE	6	A	A	72 - 80	72 - 80
50	17	1	ARG	ARG	ILE	ILE	6	B	B	72 - 80	72 - 80
51	17	1	ARG	ARG	ILE	ILE	6	C	C	72 - 80	72 - 80
52	18	1	ASP	ASP	ALA	ALA	1	A	A	81 - 105	81 - 105
53	18	1	ASP	ASP	ALA	ALA	1	B	B	81 - 105	81 - 105
54	18	1	ASP	ASP	ALA	ALA	1	C	C	81 - 105	81 - 105
55	19	1	ILE	ILE	MET	MET	4	A	A	106 - 108	106 - 108
56	19	1	ILE	ILE	MET	MET	4	B	B	106 - 108	106 - 108
57	19	1	ILE	ILE	MET	MET	4	C	C	106 - 108	106 - 108
58	20	1	GLY	GLY	MET	MET	1	A	A	109 - 129	109 - 129
59	20	1	GLY	GLY	MET	MET	1	B	B	109 - 129	109 - 129
60	20	1	GLY	GLY	MET	MET	1	C	C	109 - 129	109 - 129
61	21	1	PRO	PRO	ALA	ALA	4	A	A	130 - 142	130 - 142
62	21	1	PRO	PRO	ALA	ALA	4	B	B	130 - 142	130 - 142
63	21	1	PRO	PRO	ALA	ALA	4	C	C	130 - 142	130 - 142
64	22	1	ALA	ALA	ILE	ILE	1	A	A	143 - 157	143 - 157
65	22	1	ALA	ALA	ILE	ILE	1	B	B	143 - 157	143 - 157
66	22	1	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	143 - 157	143 - 157
67	23	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	A	A	158	158
68	23	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	B	B	158	158
69	23	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	C	C	158	158
70	24	1	TYR	TYR	GLN	GLN	1	A	A	159 - 162	159 - 162
71	24	1	TYR	TYR	GLN	GLN	1	B	B	159 - 162	159 - 162
72	24	1	TYR	TYR	GLN	GLN	1	C	C	159 - 162	159 - 162
73	25	1	SER	SER	ASP	ASP	4	A	A	163 - 165	163 - 165
74	25	1	SER	SER	ASP	ASP	4	B	B	163 - 165	163 - 165
75	25	1	SER	SER	ASP	ASP	4	C	C	163 - 165	163 - 165
76	26	1	ALA	ALA	SER	SER	1	A	A	166 - 197	166 - 197
77	26	1	ALA	ALA	SER	SER	1	B	B	166 - 197	166 - 197
78	26	1	ALA	ALA	SER	SER	1	C	C	166 - 197	166 - 197
79	27	1	TYR	TYR	ILE	ILE	4	A	A	198 - 204	198 - 204
80	27	1	TYR	TYR	ILE	ILE	4	B	B	198 - 204	198 - 204
81	27	1	TYR	TYR	ILE	ILE	4	C	C	198 - 204	198 - 204
82	28	1	ASN	ASN	ILE	ILE	1	A	A	205 - 215	205 - 215
83	28	1	ASN	ASN	ILE	ILE	1	B	B	205 - 215	205 - 215
84	28	1	ASN	ASN	ILE	ILE	1	C	C	205 - 215	205 - 215
85	29	1	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	216	216
86	29	1	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	216	216
87	29	1	HIS	HIS	HIS	HIS	3	C	C	216	216
88	30	1	LEU	LEU	SER	SER	5	A	A	217 - 225	217 - 225
89	30	1	LEU	LEU	SER	SER	5	B	B	217 - 225	217 - 225
90	30	1	LEU	LEU	SER	SER	5	C	C	217 - 225	217 - 225
91	31	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	46	46
92	31	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	46	46
93	31	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	C	C	46	46
94	32	1	ALA	ALA	ALA	ALA	1	A	A	47 - 54	47 - 54
95	32	1	ALA	ALA	ALA	ALA	1	B	B	47 - 54	47 - 54
96	32	1	ALA	ALA	ALA	ALA	1	C	C	47 - 54	47 - 54
97	33	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	A	A	55	55
98	33	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	B	B	55	55
99	33	1	GLU	GLU	GLU	GLU	5	C	C	55	55
1	1	2	GLY	GLY	SER	SER	4	B	B	62 - 71	62 - 71
2	1	2	GLY	GLY	SER	SER	4	C	C	62 - 71	62 - 71

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological unit is a trimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A, B & C)

#1: タンパク質	CarB 分子量: 27608.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア) 遺伝子: CarB / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XB60
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 6000, BICINE, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SRS

/ ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.009 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.009 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.15→47.91 Å / Num. obs: 15149 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.203 / Χ²: 1.012

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²	Diffraction-ID
3.15-3.26	94.3	3.9	0.562	1432	0.994	1
3.26-3.39	99.1	5.2	0.473	1490	0.999	1
3.39-3.55	99.7	5.9	0.432	1504	1.056	1
3.55-3.73	99.9	6.2	0.321	1521	1.043	1
3.73-3.97	100	6.2	0.261	1525	1.054	1
3.97-4.27	100	6.2	0.177	1498	1.015	1
4.27-4.7	100	6.2	0.149	1531	1.037	1
4.7-5.38	100	6.2	0.15	1532	1.004	1
5.38-6.78	100	6.2	0.179	1533	0.954	1
6.78-50	99.7	6	0.062	1583	0.952	1

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Translation	3.05 Å	47.669 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: monomer of 2A7K

2a7k

解像度: 3.15→47.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 44.072 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	798	5.3 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
all	0.194	-	-	-
obs	0.194	15136	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0.38 Å²	0 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→47.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5304	0	52	0	5356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.114	1.947	7407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.747	3.001	11321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.448	24.274	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.913	15	865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.216	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.285	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.182	1.5	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.042	1.5	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.307	2	5549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.505	3	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.903	4.5	1858

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms	タイプ	Weight
1	1	A	2250	0.02	TIGHT POSITIONAL	0.05
1	2	B	2250	0.02	TIGHT POSITIONAL	0.05
1	3	C	2250	0.02	TIGHT POSITIONAL	0.05
1	1	A	523	0.44	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	2	B	523	0.34	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	3	C	523	0.47	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	1	A	265	0.96	LOOSE POSITIONAL	5
1	2	B	265	0.76	LOOSE POSITIONAL	5
1	3	C	265	0.85	LOOSE POSITIONAL	5
1	1	A	2250	0.03	TIGHT THERMAL	0.5
1	2	B	2250	0.03	TIGHT THERMAL	0.5
1	3	C	2250	0.03	TIGHT THERMAL	0.5
1	1	A	523	0.28	MEDIUM THERMAL	2
1	2	B	523	0.22	MEDIUM THERMAL	2
1	3	C	523	0.24	MEDIUM THERMAL	2
1	1	A	265	0.95	LOOSE THERMAL	10
1	2	B	265	0.76	LOOSE THERMAL	10
1	3	C	265	0.77	LOOSE THERMAL	10
2	1	B	139	0.31	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	1	B	139	0.19	MEDIUM THERMAL	2

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	52	-
R_work	0.317	983	-
all	-	1035	-
obs	-	-	93.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.303	0.419	0.2142	1.1696	0.2658	2.2421	-0.0548	0.0427	-0.0766	-0.0147	0.075	0.1083	-0.0226	-0.4307	-0.0202	-0.299	-0.0376	-0.0191	-0.0782	0.0343	-0.2128	9.8797	-51.8633	-7.3267
2	2.6663	0.8046	-0.2938	2.1811	-0.8213	2.679	-0.1252	0.2028	0.0986	-0.2841	0.1342	-0.0059	-0.4036	0.1564	-0.009	-0.0837	-0.0984	-0.0391	-0.215	0.0011	-0.2274	38.224	-33.9344	-14.5371
3	0.8715	0.3465	0.2001	2.9444	-0.6399	3.5056	0.0283	-0.0594	-0.062	0.1167	-0.024	-0.2257	-0.1488	0.2738	-0.0044	-0.311	-0.0409	-0.0666	-0.2498	0.0025	-0.1978	34.4701	-48.7681	16.2067

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 235	1 - 235
2	2	B	B	1 - 231	1 - 231
3	3	C	C	1 - 231	1 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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