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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a7q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human dCK complexed with clofarabine and ADP | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha/beta parallel beta-sheet of 5 strands | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Secrist III, J.A. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human deoxycytidine kinase in complex with clofarabine reveals key interactions for prodrug activation. 著者: Zhang, Y. / Secrist, J.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p61S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer with the second monomer generated by the operation: -y, -x, -z+1/2 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30834.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-CFB / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium citrate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月29日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→500 Å / Num. all: 9726 / Num. obs: 9726 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 35.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 557 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 54.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1P61 解像度: 2.55→48.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 462177.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.4184 Å2 / ksol: 0.361286 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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