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- PDB-2a7o: Solution Structure of the hSet2/HYPB SRI domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7o
タイトルSolution Structure of the hSet2/HYPB SRI domain
要素Huntingtin interacting protein B
キーワードTRANSCRIPTION / SRI domain / SRI / hSRI / Set2 / hSet2 / phosphoCTD associating protein / Set2 Rpb1-interacting domain / PCID / PCAP
機能・相同性
機能・相同性情報


mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / embryonic placenta morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / pericardium development ...mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / embryonic placenta morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / pericardium development / regulation of mRNA export from nucleus / stem cell development / histone H3K36 methyltransferase activity / nucleosome organization / response to type I interferon / protein-lysine N-methyltransferase activity / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of ossification / response to alkaloid / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / histone H3 methyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endodermal cell differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / alpha-tubulin binding / mismatch repair / forebrain development / positive regulation of autophagy / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis / stem cell differentiation / neural tube closure / transcription elongation by RNA polymerase II / : / PKMTs methylate histone lysines / chromosome / regulation of gene expression / angiogenesis / defense response to virus / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Set2, Rpb1 interacting domain / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains ...Set2, Rpb1 interacting domain / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Li, M. / Phatnani, H.P. / Guan, Z. / Sage, H. / Greenleaf, A. / Zhou, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the Set2 Rpb1 interacting domain of human Set2 and its interaction with the hyperphosphorylated C-terminal domain of Rpb1
著者: Li, M. / Phatnani, H.P. / Guan, Z. / Sage, H. / Greenleaf, A. / Zhou, P.
履歴
登録2005年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Huntingtin interacting protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1471
ポリマ－13,1471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Huntingtin interacting protein B


分子量: 13147.174 Da / 分子数: 1
断片: Set2 Rpb1-interacting (SRI) domain, HSET2/HYBP SRI domain, residues 1954-2061
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: isoform 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hSet2/HYPB / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: Q9BYW2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1243D 13C-separated NOESY
1352D NOESY
1452D TOCSY
152HNCA
162HN(CO)CA
172HN(CA)CB
182HN(COCA)CB
192HNCO
1102HNCA-J
11124D HC(CCO)NH-TOCSY
112315N-HSQC
1136high-resolution 13C-HSQC
1142RDC experiment in phage

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N (random labeling) HYPB, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2U-95% 13C, U-98% 15N labeled HYPB, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
3Residue selective labeling with 15N-lysine HYPB, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
4U-95% 13C, U-98% 15N HYPB, 100% D2O100% D2O
5Unlabeled HYPB,100% D2O100% D2O
610% 13C (fractional labeling) HYPB,100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM KCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe解析
XEASY1.2データ解析
DYANA1.5構造決定
CYANA2構造決定
XPLOR-NIH2.9.7精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were initially calculated using DYANA. CYANA 2.0 was used for automated data analysis to obtain additional NOE constraints. The structures were then refined against residual ...詳細: Structures were initially calculated using DYANA. CYANA 2.0 was used for automated data analysis to obtain additional NOE constraints. The structures were then refined against residual dipolar couplings using XPLOR-NIH and a water-refinement protocol.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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