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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a7i | ||||||
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タイトル | On the Routine Use of Soft X-Rays in Macromolecular Crystallography, Part III- The Optimal Data Collection Wavelength | ||||||
要素 | Thaumatin Iソーマチン | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / Test-modifying protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thaumatococcus daniellii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength. 著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. THE PDB SEQUENCE IS LYS46 & ASP113 WHILE ...SEQUENCE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. THE PDB SEQUENCE IS LYS46 & ASP113 WHILE IN SWISS-PROT THEY ARE ASN46 & ASN113 |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a7i.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a7i.ent.gz | 39.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a7i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a7i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883 |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 25377 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.787 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å
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