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- PDB-2a79: Mammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a79
タイトルMammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
要素
  • (poly-unknown ...) x 2
  • Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
  • Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / voltage sensor / voltage dependent / ion channel / Shaker / eukaryotic / Kv1.2
機能・相同性
機能・相同性情報


optic nerve structural organization / pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / NADPH oxidation / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep ...optic nerve structural organization / pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / NADPH oxidation / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / potassium ion export across plasma membrane / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / aldo-keto reductase (NADPH) activity / delayed rectifier potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / optic nerve development / action potential / regulation of dopamine secretion / neuronal cell body membrane / kinesin binding / lamellipodium membrane / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / neuronal action potential / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / postsynaptic density membrane / protein homooligomerization / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / lamellipodium / presynaptic membrane / perikaryon / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / endosome / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mammalian shaker kv1.2 potassium channel- beta subunit complex / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...Mammalian shaker kv1.2 potassium channel- beta subunit complex / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Long, S.B. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a mammalian voltage-dependent Shaker family K+ channel.
著者: Long, S.B. / Campbell, E.B. / Mackinnon, R.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Voltage Sensor of Kv1.2: Structural Basis of Electromechanical Coupling
著者: Long, S.B. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
履歴
登録2005年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE SEE REMARK 3, OTHER REFINEMENT REMARKS, FOR DETAILS REGARDING POLY-UNKNOWN CHAINS C AND D ...SEQUENCE SEE REMARK 3, OTHER REFINEMENT REMARKS, FOR DETAILS REGARDING POLY-UNKNOWN CHAINS C AND D AND THEIR RELATIONSHIP TO CHAIN B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
C: poly-unknown chain
D: poly-unknown chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,32911
ポリマ－100,3514
非ポリマー9787
水1,49583
1
A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
C: poly-unknown chain
D: poly-unknown chain
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
C: poly-unknown chain
D: poly-unknown chain
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
C: poly-unknown chain
D: poly-unknown chain
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
C: poly-unknown chain
D: poly-unknown chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,31744
ポリマ－401,40516
非ポリマー3,91228
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.605, 113.605, 260.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-500-

K

21B-501-

K

31B-502-

K

41B-503-

K

51B-504-

K

61B-505-

K

詳細The biological unit is a tetramer formed by applying the I4 crystallographic symmetry to the coordinates that are deposited.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit / K+ / channel beta-2 subunit / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / RBK2 / RCK5 / RAK


分子量: 56749.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P63142

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Poly-unknown ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 poly-unknown chain


分子量: 4443.468 Da / 分子数: 1 / Fragment: T1-S1 linker and S1 helix of the Kv1.2 channel / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain C consists of a polyglycine model for the T1-S1 linker and a polyalanine model for the S1 helix of Kv1.2.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
#4: タンパク質・ペプチド poly-unknown chain


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / Fragment: S3 helix of the Kv1.2 channel / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain D consists of a polyalanine model for the S3 helix of Kv1.2.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)

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非ポリマー , 3種, 90分子

#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: peg 400, potassium chloride, tris buffer, EDTA, DTT, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月3日 / 詳細: NSLS X25
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 36056 / Num. obs: 36056 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.92 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3636 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EXB

1exb


解像度: 2.9→29.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4165737.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Some of the missing residues listed in remark 465 are actually the residues that comprise chains C and D. The authors state it is unclear how to align the residues of chains C and D to the ...詳細: Some of the missing residues listed in remark 465 are actually the residues that comprise chains C and D. The authors state it is unclear how to align the residues of chains C and D to the sequence of chain B, so each stretch of density assigned chain IDs C and D is labelled as UNK for unknown residue and was modelled in refinement as alanine or glycine.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1776 5.3 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.224 36056 --
obs0.222 33343 91.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.2425 Å2 / ksol: 0.295433 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.57 Å20 Å20 Å2
2---17.57 Å20 Å2
3---35.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 54 83 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.841
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.911.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 162 5.6 %
Rwork0.337 2717 -
obs--79.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3nap.parnap.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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