PDB-2a6c: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NE_135...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a6c

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NE_1354) FROM NITROSOMONAS EUROPAEA AT 1.90 A RESOLUTION

要素

Helix-turn-helix motif

キーワード

TRANSCRIPTION / PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosomonas europaea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_841403.1) from NITROSOMONAS EUROPAEA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a6c.cif.gz	45.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a6c.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5c59-3 6fpa-2 6js9-2 6js9-1 2gbk-5 1x6i-d 5c59-4 6ghu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358727

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Helix-turn-helix motif

B: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

19.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

A: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

B: Helix-turn-helix motif

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.862, 40.788, 53.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.830, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- HOH

#1: タンパク質	Helix-turn-helix motif 分子量: 9645.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア) 遺伝子: np_841403.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q82UW4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 273 K / pH: 4.2 詳細: 40.0 % MPD, 0.1M Phosphate Citrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K, pH 4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97929, 0.91162

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月2日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97929	1
2	0.91162	1

反射

解像度: 1.8→26.48 Å / Num. obs: 14998 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
1.8-1.85	84.5	3.3	0.516	1.2	954	0.516
1.85-1.9	97.1	3.7	0.455	1.5	1045	0.455
1.9-1.95	98.5	3.8	0.377	1.7	1056	0.377
1.95-2.01	98.2	3.8	0.308	2	1012	0.308
2.01-2.08	98.5	3.8	0.261	2.6	1004	0.261
2.08-2.15	98.3	3.8	0.208	3	959	0.208
2.15-2.23	99	3.8	0.17	3.7	935	0.17
2.23-2.32	98.9	3.8	0.146	4.2	901	0.146
2.32-2.43	98.6	3.8	0.135	4.6	859	0.135
2.43-2.55	99	3.8	0.124	5	827	0.124
2.55-2.68	99.2	3.8	0.103	5.7	776	0.103
2.68-2.85	99.5	3.7	0.095	6.2	747	0.095
2.85-3.04	99.3	3.7	0.087	7.2	687	0.087
3.04-3.29	99.5	3.7	0.081	6.9	657	0.081
3.29-3.6	99.5	3.7	0.073	7.3	615	0.073
3.6-4.02	99.6	3.7	0.062	9	550	0.062
4.02-4.65	99.5	3.7	0.071	6.5	482	0.071
4.65-5.69	99.5	3.6	0.074	5	417	0.074
5.69-8.05	99.7	3.4	0.071	5.9	330	0.071
8.05-26.48	97.4	3.2	0.068	7.4	185	0.068

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 7.221 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.152
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	672	5.2 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.185	-	-	-
obs	-	12269	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0.83 Å²
2-	-	2.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1178	0	29	72	1279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.972	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.035	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.379	23.125	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.335	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.684	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.347	3	791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.651	3	318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.861	5	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.452	8	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.442	11	428

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	52	-
R_work	0.21	899	-
obs	-	-	98.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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