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- PDB-2a6c: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NE_135... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6c
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NE_1354) FROM NITROSOMONAS EUROPAEA AT 1.90 A RESOLUTION
要素Helix-turn-helix motif
キーワードTRANSCRIPTION / PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


HigA2-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Helix-turn-helix motif
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_841403.1) from NITROSOMONAS EUROPAEA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix motif
B: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7296
ポリマ－19,2912
非ポリマー4384
水1,29772
1
A: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子

A: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4154
ポリマ－19,2912
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0224
ポリマ－9,6461
非ポリマー3763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子

B: Helix-turn-helix motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0448
ポリマ－19,2912
非ポリマー7536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.862, 40.788, 53.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Helix-turn-helix motif


分子量: 9645.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア)
遺伝子: np_841403.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q82UW4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 273 K / pH: 4.2
詳細: 40.0 % MPD, 0.1M Phosphate Citrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97929, 0.91162
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.911621
反射解像度: 1.8→26.48 Å / Num. obs: 14998 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
1.8-1.8584.53.30.5161.29540.516
1.85-1.997.13.70.4551.510450.455
1.9-1.9598.53.80.3771.710560.377
1.95-2.0198.23.80.308210120.308
2.01-2.0898.53.80.2612.610040.261
2.08-2.1598.33.80.20839590.208
2.15-2.23993.80.173.79350.17
2.23-2.3298.93.80.1464.29010.146
2.32-2.4398.63.80.1354.68590.135
2.43-2.55993.80.12458270.124
2.55-2.6899.23.80.1035.77760.103
2.68-2.8599.53.70.0956.27470.095
2.85-3.0499.33.70.0877.26870.087
3.04-3.2999.53.70.0816.96570.081
3.29-3.699.53.70.0737.36150.073
3.6-4.0299.63.70.06295500.062
4.02-4.6599.53.70.0716.54820.071
4.65-5.6999.53.60.07454170.074
5.69-8.0599.73.40.0715.93300.071
8.05-26.4897.43.20.0687.41850.068

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.221 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.152
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 672 5.2 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.185 ---
obs-12269 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20.83 Å2
2--2.85 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 29 72 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.9721659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84432733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0355154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.37923.12548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33515230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.684158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3473791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6513318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.86151231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4528475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.44211428
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 52 -
Rwork0.21 899 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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