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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a5b | ||||||
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タイトル | Avidin complexed with 8-oxodeoxyguanosine | ||||||
![]() | Avidin | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Avidin / Damaged DNA / 8-oxodeoxyguanosine | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Conners, R. / Hooley, E. / Thomas, S. / Brady, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recognition of oxidatively modified bases within the biotin-binding site of avidin. 著者: Conners, R. / Hooley, E. / Clarke, A.R. / Thomas, S. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 3
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13862.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Egg white / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-8HG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 8000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→52.7 Å / Num. all: 8683 / Num. obs: 8270 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IJ8 解像度: 2.49→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 10.983 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.296 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.168 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→52.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
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