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- PDB-2a55: Solution structure of the two N-terminal CCP modules of C4b-bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a55
タイトルSolution structure of the two N-terminal CCP modules of C4b-binding protein (C4BP) alpha-chain.
要素C4b-binding protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / SCR / CCP Module
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space ...regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C4b-binding protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics simulated annealing
データ登録者Jenkins, H.T. / Mark, L. / Ball, G. / Lindahl, G. / Uhrin, D. / Blom, A.M. / Barlow, P.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Human C4b-binding Protein, Structural Basis for Interaction with Streptococcal M Protein, a Major Bacterial Virulence Factor
著者: Jenkins, H.T. / Mark, L. / Ball, G. / Persson, J. / Lindahl, G. / Uhrin, D. / Blom, A.M. / Barlow, P.N.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4b-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0681
ポリマ－15,0681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 C4b-binding protein / C4bp / Proline-rich protein / PRP


分子量: 15067.944 Da / 分子数: 1
断片: Modules 1 and 2 of C4BP alpha-chain, residues 49-126
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA / プラスミド: pET16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RP / 参照: UniProt: P04003
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
232NH-IPAP 15N HSQC
242NC-HN(a/b-NC'-J)
252CC-HN(a/b-COCA-J)
262CaHa-2D J-(HNCO)CANH
NMR実験の詳細Text: All RDC experiments (i.e. NH-IPAP 15N HSQC,, NC-HN(a/b-NC'-J), CC-HN(a/b-COCA-J), CaHa-2D J-(HNCO)CANH were recorded twice, once in aligned media (Solution Id 2) and once in unaligned media (solution Id 1)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM C4BP12 U-13C, 15N, 20 mM sodium acetate buffer, pH 4.5, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.70 mM C4BP12 U-13C, 15N, 7.3 mg/ml Pf1 phage, 20 mM sodium acetate buffer, pH 5.5, 90 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM sodium acetate buffer 4.51 atm310 K
220 mM sodium acetate buffer, 90 mM NaCl 5.51 atm310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger構造決定
Azara2.7Boucher解析
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: molecular dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 3032 NOE-derived distance restraints and 219 RDC restraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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