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- PDB-2a4z: Crystal Structure of human PI3Kgamma complexed with AS604850 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4z
タイトルCrystal Structure of human PI3Kgamma complexed with AS604850
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit, gamma isoform
キーワードTRANSFERASE / Protein-inhibitor complex / PI3Kg
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / mast cell degranulation / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / phosphorylation / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / ephrin receptor binding / neutrophil chemotaxis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BYM / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Camps, M. / Ruckle, T. / Ji, H. / Ardissone, V. / Rintelen, F. / Shaw, J. / Ferrandi, C. / Chabert, C. / Gillieron, C. / Francon, B. ...Camps, M. / Ruckle, T. / Ji, H. / Ardissone, V. / Rintelen, F. / Shaw, J. / Ferrandi, C. / Chabert, C. / Gillieron, C. / Francon, B. / Martin, T. / Gretener, D. / Perrin, D. / Leroy, D. / Vitte, P.-A. / Hirsch, E. / Wymann, M.P. / Cirillo, R. / Schwarz, M.K. / Rommel, C.
引用ジャーナル: NAT.MED. (N.Y.) / 年: 2005
タイトル: Blockade of PI3Kgamma suppresses joint inflammation and damage in mouse models of rheumatoid arthritis
著者: Camps, M. / Ruckle, T. / Ji, H. / Ardissone, V. / Rintelen, F. / Shaw, J. / Ferrandi, C. / Chabert, C. / Gillieron, C. / Francon, B. / Martin, T. / Gretener, D. / Perrin, D. / Leroy, D. / ...著者: Camps, M. / Ruckle, T. / Ji, H. / Ardissone, V. / Rintelen, F. / Shaw, J. / Ferrandi, C. / Chabert, C. / Gillieron, C. / Francon, B. / Martin, T. / Gretener, D. / Perrin, D. / Leroy, D. / Vitte, P.-A. / Hirsch, E. / Wymann, M.P. / Cirillo, R. / Schwarz, M.K. / Rommel, C.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit, gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0412
ポリマ－110,7561
非ポリマー2851
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.352, 67.648, 106.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit, gamma isoform / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit / PI3-kinase p110 subunit gamma / PtdIns- 3-kinase ...phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit / PI3-kinase p110 subunit gamma / PtdIns- 3-kinase p110 / PI3K / PI3Kgamma


分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: P110 SUBUNIT GAMMA, residues 143-1101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-BYM / (5E)-5-[(2,2-DIFLUORO-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYLENE]-1,3-THIAZOLIDINE-2,4-DIONE / AS-604850


分子量: 285.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H5F2NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 22% PEG 4K, 100mM Tris-HCl, 200mM (NH4)2SO4, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0716 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→106 Å / Num. all: 21670 / Num. obs: 21670 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 127.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.9-3.069440.3142.130750.314
3.06-3.249740.2113.230030.211
3.24-3.47994.10.1424.628570.142
3.47-3.74994.20.1175.627100.117
3.74-4.199.34.40.0837.824790.083
4.1-4.5999.24.40.0718.622560.071
4.59-5.2999.44.40.0738.419970.073
5.29-6.4899.64.40.0797.917000.079
6.48-9.1794.14.20.0649.512540.064
9.17-19.8243.93.50.05811.13390.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1e8y

1e8y


解像度: 2.9→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1219204.625 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.352 2156 9.9 %RANDOM
Rwork0.257 ---
all0.264 25981 --
obs0.264 21669 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET / Bsol: 280 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 62.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.84 Å20 Å26.45 Å2
2--6.62 Å20 Å2
3----3.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6247 0 19 7 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.122.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 346 9.9 %
Rwork0.352 3159 -
all-3505 -
obs--93.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4inh.paraminh.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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