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- PDB-2a4v: Crystal Structure of a truncated mutant of yeast nuclear thiol pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4v
タイトルCrystal Structure of a truncated mutant of yeast nuclear thiol peroxidase
要素Peroxiredoxin DOT5
キーワードOXIDOREDUCTASE / yeast nuclear thiol peroxidase / atypical 2-Cys peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / chromosome, telomeric region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin DOT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Choi, J. / Choi, S. / Chon, J.-K. / Choi, J. / Cha, M.-K. / Kim, I.-H. / Shin, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the C107S/C112S mutant of yeast nuclear 2-Cys peroxiredoxin
著者: Choi, J. / Choi, S. / Chon, J.-K. / Choi, J. / Cha, M.-K. / Kim, I.-H. / Shin, W.
履歴
登録2005年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin DOT5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8641
ポリマ－17,8641
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.535, 37.535, 83.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin DOT5 / Thioredoxin reductase / Nuclear thiol peroxidase / nTPx / Disrupter of telomere silencing protein 5


分子量: 17864.195 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 変異: C107S/C112S/K123E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DOT5 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40553, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: PEG 3350, mercury(II) acetate, Tris-HCl, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 詳細: Choi, J., (2005) Acta Crystallogr., F61, 659.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.4
320 %(w/v)PEG30001reservoir
4200 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: double crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 12169 / Num. obs: 11928 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.085 / Χ2: 4.97 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. measured obs: 1173 / Num. unique all: 1171 / Rsym value: 0.321 / Χ2: 2.486 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 55862
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. unique obs: 1171 / Num. measured obs: 5457 / Mean I/σ(I) obs: 3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.57 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.153
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å18.76 Å
Translation3 Å18.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.856 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 598 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.167 12169 --
obs0.167 11928 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 0 156 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.9831701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5445155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03124.82858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60915237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.593157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0970.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.5805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42121265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3123507
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6124.5436
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 43 -
Rwork0.218 798 -
all-841 -
obs-798 97 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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