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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a4q | ||||||
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タイトル | HCV NS3 protease with NS4a peptide and a covalently bound macrocyclic ketoamide compound. | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() self proteolysis / transformation of host cell by virus / host cell membrane / viral process / serine-type peptidase activity / virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Girijavallabhan, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis and Biological Activity of Macrocyclic Inhibitors of Hepatitis C Virus (HCV) NS3 Protease 著者: Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Girijavallabhan, V. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease Domain Complexed with a Synthetic NS4a Cofactor Peptide 著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / ...著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / Caron, P.R. / Thomson, J.A. #2: ![]() タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors. SAR of P2' moiety with improved potency. 著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. ...著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. / Venkatraman, S. / Vaccaro, H. / Wang, H. / Yang, X. / Zhu, Z. / Mckittrick, B. / Saksena, A.K. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Ingram, R. / Malcolm, B. / Prongay, A.J. / Yao, N. / Marten, B. / Madison, V. / Kemp, S. / Levy, O. / Lim-Wilby, M. / Tamura, S. / Ganguly, A.K. #3: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Hepatitis C Virus NS3 proteinase Reveals a Trypsin-like fold and a Structural Zinc Binding Site. 著者: Love, R.A. / Parge, H.E. / Wickersham, J.A. / Hostomsky, Z. / Habuka, N. / Moomaw, E.W. / Adachi, T. / Hostomska, Z. #4: ![]() タイトル: Complex of NS3 protease and NS4a peptide of BK strain hepatitis C virus: A 2.2A resolution structure in a hexagonal crystal form. 著者: Yan, Y. / Li, Y. / Munshi, S. / Sardana, V. / Cole, L.J. / Sardana, M. / Steinkuehler, C. / Tomei, L. / De Francesco, R. / Kuo, L.C. / Chen, Z. #5: ![]() タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal Structures of Two protease-inhibitor complexes. 著者: DiMarco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M.A. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 786.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Dimer (Chains A and C) of the protease domain with a NS4a peptide bound (Chains B and D). Only Chain A has the covalent adducts with the inhibitor SCH383913 and 2-mercaptoethanol. |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain, residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-39 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HEPATITIS C VIRUS TYPE 1B. 参照: UniProt: O39914 |
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-非ポリマー , 4種, 173分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/FNH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/FNH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 化合物 | ChemComp-FNH / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.28 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: MES, sodium potassium phosphate, sodium chloride, 2-mercaptoethanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 26060 / % possible obs: 98.63 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1580 / % possible all: 89.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å
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