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- PDB-2a4q: HCV NS3 protease with NS4a peptide and a covalently bound macrocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4q
タイトルHCV NS3 protease with NS4a peptide and a covalently bound macrocyclic ketoamide compound.
要素
  • NS3 protease/helicase'
  • NS4a peptide
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


self proteolysis / symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / viral process / serine-type peptidase activity / virion component / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane ...self proteolysis / symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / viral process / serine-type peptidase activity / virion component / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-FNH / Non-structural protein 4a/b / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Girijavallabhan, V.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Synthesis and Biological Activity of Macrocyclic Inhibitors of Hepatitis C Virus (HCV) NS3 Protease
著者: Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Girijavallabhan, V.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease Domain Complexed with a Synthetic NS4a Cofactor Peptide
著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / ...著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / Caron, P.R. / Thomson, J.A.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors. SAR of P2' moiety with improved potency.
著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. ...著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. / Venkatraman, S. / Vaccaro, H. / Wang, H. / Yang, X. / Zhu, Z. / Mckittrick, B. / Saksena, A.K. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Ingram, R. / Malcolm, B. / Prongay, A.J. / Yao, N. / Marten, B. / Madison, V. / Kemp, S. / Levy, O. / Lim-Wilby, M. / Tamura, S. / Ganguly, A.K.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: The Crystal Structure of Hepatitis C Virus NS3 proteinase Reveals a Trypsin-like fold and a Structural Zinc Binding Site.
著者: Love, R.A. / Parge, H.E. / Wickersham, J.A. / Hostomsky, Z. / Habuka, N. / Moomaw, E.W. / Adachi, T. / Hostomska, Z.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Complex of NS3 protease and NS4a peptide of BK strain hepatitis C virus: A 2.2A resolution structure in a hexagonal crystal form.
著者: Yan, Y. / Li, Y. / Munshi, S. / Sardana, V. / Cole, L.J. / Sardana, M. / Steinkuehler, C. / Tomei, L. / De Francesco, R. / Kuo, L.C. / Chen, Z.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal Structures of Two protease-inhibitor complexes.
著者: DiMarco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M.A. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M.
履歴
登録2005年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease/helicase'
B: NS4a peptide
C: NS3 protease/helicase'
D: NS4a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2098
ポリマ－47,2554
非ポリマー9554
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.923, 224.923, 75.317
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Dimer (Chains A and C) of the protease domain with a NS4a peptide bound (Chains B and D). Only Chain A has the covalent adducts with the inhibitor SCH383913 and 2-mercaptoethanol.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NS3 protease/helicase'


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain, residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91RS4
#2: タンパク質・ペプチド NS4a peptide


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-39 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HEPATITIS C VIRUS TYPE 1B.
参照: UniProt: O39914

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非ポリマー , 4種, 173分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-FNH / (2R)-({N-[(3S)-3-({[(3S,6S)-6-CYCLOHEXYL-5,8-DIOXO-4,7-DIAZABICYCLO[14.3.1]ICOSA-1(20),16,18-TRIEN-3-YL]CARBONYL}AMINO)-2-OXOHEXANOYL]GLYCYL}AMINO)(PHENYL)ACETIC ACID


分子量: 745.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H55N5O8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.28 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: MES, sodium potassium phosphate, sodium chloride, 2-mercaptoethanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 26060 / % possible obs: 98.63 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.36
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1580 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.45→8 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2022 -RANDOM
Rwork0.191 ---
obs-20478 9.87 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 60 169 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.845
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.331
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 550 -
Rwork0.1533 --
obs-5593 76.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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