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- PDB-2a3p: Structure of Desulfovibrio desulfuricans G20 tetraheme cytochrome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3p
タイトルStructure of Desulfovibrio desulfuricans G20 tetraheme cytochrome with bound molybdate
要素COG3005: Nitrate/TMAO reductases, membrane-bound tetraheme cytochrome c subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT / Desulfovibrio / tetraheme cytochrome / cytochrome c3
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / MOLYBDATE ION / Cytochrome c class III
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pattarkine, M.V. / Lee, Y.-H. / Tanner, J.J. / Wall, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Desulfovibrio desulfuricans G20 Tetraheme Cytochrome Structure at 1.5A and Cytochrome Interaction with Metal Complexes
著者: Pattarkine, M.V. / Tanner, J.J. / Bottoms, C.A. / Lee, Y.-H. / Wall, J.D.
履歴
登録2005年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COG3005: Nitrate/TMAO reductases, membrane-bound tetraheme cytochrome c subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8076
ポリマ－14,1741
非ポリマー2,6345
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.160, 43.700, 57.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COG3005: Nitrate/TMAO reductases, membrane-bound tetraheme cytochrome c subunit


分子量: 14173.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio desulfuricans / 株: G20 / 生物種 (発現宿主): Desulfovibrio desulfuricans
発現宿主: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20 (バクテリア)
株 (発現宿主): subsp. desulfuricans str. G20 / 参照: UniProt: Q30WH0
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 4000, 5% ethylene glycol, 0.2M ZnCl2, 0.1 M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 5706 / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.9
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2.2-2.2894.10.5235390.4151
2.28-2.3794.70.4285310.3971
2.37-2.4895.20.345540.4811
2.48-2.6195.90.2595580.5131
2.61-2.7796.20.2045590.6171
2.77-2.9997.30.1685690.7661
2.99-3.2997.10.1195710.9941
3.29-3.7697.80.0915761.3331
3.76-4.7398.10.0666041.5991
4.73-3098.30.056451.8051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A3M

2a3m


解像度: 2.3→27.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 15.338 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.632 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 482 9.7 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.19668 4479 --
obs0.197 4479 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 177 9 990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8562.4551439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7925106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08325.15233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38815144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.962151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2750.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6282538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5723852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1933577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0064579
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 38 -
Rwork0.215 287 -
obs--95.59 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.7 Å / Origin y: 0.766 Å / Origin z: 4.6 Å
111213212223313233
T-0.0717 Å20.0073 Å2-0.0056 Å2--0.1362 Å2-0.0051 Å2---0.1851 Å2
L2.3124 °20.2611 °2-0.3006 °2-2.6982 °2-1.2365 °2--2.3324 °2
S0.0909 Å °0.0916 Å °0.0699 Å °0.0556 Å °-0.0249 Å °0.0685 Å °0.0279 Å °-0.235 Å °-0.066 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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