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万見
- PDB-2a36: Solution structure of the N-terminal SH3 domain of DRK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a36
タイトルSolution structure of the N-terminal SH3 domain of DRK
要素Protein E(sev)2B
キーワードSIGNALING PROTEIN / DROSOPHILA MELANOGASTER / SH3 FRAGMENT / DRK
機能・相同性
機能・相同性情報


sevenless binding / PI3K Cascade / Downstream signal transduction / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / RET signaling / Erythropoietin activates RAS ...sevenless binding / PI3K Cascade / Downstream signal transduction / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / RET signaling / Erythropoietin activates RAS / FLT3 Signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SOS-mediated signalling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signalling to RAS / DAP12 signaling / SHC-related events triggered by IGF1R / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated MAPK activation / PIP3 activates AKT signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / torso signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / tracheal outgrowth, open tracheal system / R7 cell fate commitment / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of signaling by CBL / sevenless signaling pathway / RHOU GTPase cycle / EGFR downregulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / epithelial cell migration, open tracheal system / follicle cell of egg chamber development / Clathrin-mediated endocytosis / imaginal disc-derived wing morphogenesis / olfactory learning / short-term memory / COP9 signalosome / epidermal growth factor receptor binding / associative learning / regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell size / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / phosphotyrosine residue binding / sensory perception of sound / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / presynapse / insulin receptor signaling pathway / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / protein-containing complex / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily ...Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Forman-Kay, J.D. / Bezsonova, I. / Singer, A. / Choy, W.-Y. / Tollinger, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural Comparison of the Unstable drkN SH3 Domain and a Stable Mutant
著者: Bezsonova, I. / Singer, A. / Choy, W.-Y. / Tollinger, M. / Forman-Kay, J.D.
履歴
登録2005年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 400COMPOUND RESIDUE ANI PRESENT IN THE CONSTRAINT FILE DEFINES THE ALIGNMENT FRAME. INCLUDE THESE ...COMPOUND RESIDUE ANI PRESENT IN THE CONSTRAINT FILE DEFINES THE ALIGNMENT FRAME. INCLUDE THESE COORDINATES TO USE THE RESIDUAL DIPOLAR COUPLING AND/OR CARBONYL CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein E(sev)2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8691
ポリマ－6,8691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein E(sev)2B / Protein enhancer of sevenless 2B / SH2-SH3 adapter protein drk / Downstream of receptor kinase


分子量: 6868.628 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-59 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: drk, E(sev)2B / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: Q08012

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 200 ms NOESY
1213D 150 ms 15N-edited NOESY
1312D 150 ms NOESY
1411H/D amide exchange experiment
151HNCO-based 3D experiments
NMR実験の詳細Text: HNCO-based 3D experiments were used for measuring 15N-1HN, 15N-13C', 13C'-13CA RDCs and C'-CSA restraints.13CA-13CB and 13CA-1HA RDCs were also measured.

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試料調製

詳細内容: 1MM DRKN SH3 DOMAIN 15N,13C, 500 MM NA2SO4, 50 MM PHOSPHATE BUFFER, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 500mM / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER構造決定
CNS1BRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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