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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a2u | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF A2U-GLOBULIN AND ITS COMPLEX WITH A HYALINE DROPLET INDUCER. | ||||||
![]() | PROTEIN (ALPHA-2U-GLOBULIN) | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / A2U-GLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / odorant binding / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation ...positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / odorant binding / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / small molecule binding / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / mitochondrion organization / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaudhuri, B.N. / Kleywegt, G.J. / Jones, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of alpha 2u-globulin and its complex with a hyaline droplet inducer. 著者: Chaudhuri, B.N. / Kleywegt, G.J. / Bjorkman, J. / Lehman-McKeeman, L.D. / Oliver, J.D. / Jones, T.A. #1: ![]() タイトル: Lipid-Binding Proteins: A Family of Fatty Acid and Retinoid Transport Proteins 著者: Banaszak, L. / Winter, N. / Xu, Z. / Bernlohr, D.A. / Cowan, S.W. / Jones, T.A. #2: ![]() タイトル: Pheromone Binding to Two Rodent Urinary Proteins Revealed by X-Ray Crystallography 著者: Bocskei, Z. / Groom, C.R. / Flower, D.R. / Wright, C.E. / Phillips, S.E.V. / Cavaggioni, A. / Findlay, J.B.C. / North, A.C.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20764.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM MALE RAT URINE / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.7 / 詳細: pH 4.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48 Å / Num. obs: 25797 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 48 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 78794 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: A MONOCLINIC FORM OF A2U (REF 3) 解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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