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万見
- PDB-2a28: Atomic-resolution crystal structure of the second SH3 domain of y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a28
タイトルAtomic-resolution crystal structure of the second SH3 domain of yeast Bzz1 determined from a pseudomerohedrally twinned crystal
要素BZZ1 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RND2 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / actin nucleation / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / mating projection tip / response to salt stress / actin filament organization / enzyme activator activity ...RND2 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / actin nucleation / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / mating projection tip / response to salt stress / actin filament organization / enzyme activator activity / phospholipid binding / endocytosis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural genomics of yeast SH3 domains
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BZZ1 protein
B: BZZ1 protein
C: BZZ1 protein
D: BZZ1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0734
ポリマ－23,0734
非ポリマー00
水7,026390
1
A: BZZ1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7681
ポリマ－5,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BZZ1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7681
ポリマ－5,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BZZ1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7681
ポリマ－5,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BZZ1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7681
ポリマ－5,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.840, 51.740, 59.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BZZ1 protein


分子量: 5768.271 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pDEST-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8126 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→30 Å / Num. all: 84816 / Num. obs: 84816 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.07→1.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 6490 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.07→20 Å / Num. parameters: 18238 / Num. restraintsaints: 21490 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC REFINEMENT / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal form is twinned by the operator h,-k,-l, twinning fraction 37 %.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1663 695 0.8 %RANDOM, SELECTED TAKING INTO ACCOUNT THE TWINNING OPERATOR
Rwork0.1111 ---
all0.1121 84806 --
obs0.1121 84806 95.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 1428 / Occupancy sum non hydrogen: 2007
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 0 390 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0262
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.101
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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