PDB-2a1s: Crystal structure of native PARN nuclease domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a1s

タイトル

Crystal structure of native PARN nuclease domain

要素

Poly(A)-specific ribonuclease PARN

キーワード

HYDROLASE / PARN / DEDD / nuclease domain / R3H

機能・相同性

機能・相同性情報

lncRNA processing / priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / cation binding / RNA modification / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / telomerase RNA stabilization / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wu, M. / Song, H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
著者: Wu, M. / Reuter, M. / Lilie, H. / Liu, Y. / Wahle, E. / Song, H.

履歴

登録	2005年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a1s.cif.gz	321.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a1s.ent.gz	264.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a1rSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lwz-d 5t0w-d 5igo-d 4x91-d 6k73-d 6fsh-d 6dxs-d 3mss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (14) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

B: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

C: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

D: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

D: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

C: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	205.540, 123.016, 82.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

homodimer is the functional unit

#1: タンパク質	Poly(A)-specific ribonuclease PARN / Polyadenylate-specific ribonuclease / Deadenylating nuclease / Deadenylation nuclease / PARN / ...Polyadenylate-specific ribonuclease / Deadenylating nuclease / Deadenylation nuclease / PARN / poly(A) specific nuclease 分子量: 49617.137 Da / 分子数: 4 / 断片: PARN(1-430) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL_21 star / 参照: UniProt: O95453, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月30日
放射	モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 58187 / Num. obs: 58173 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 69.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5683 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A1R

2a1r

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 12.89 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 1.12 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25362	1780	3.1 %	RANDOM
R_work	0.21864	-	-	-
all	0.243	58173	-	-
obs	0.21971	56251	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1 Å²	0 Å²	2.19 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12876	0	0	239	13115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	13253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.958	17829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	27556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.132	5	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	13777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	7868
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.195	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.796	1.5	7891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.51	2	12796
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.48	3	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.613	4.5	5033

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.33	121
R_work	0.308	4071

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8477	-0.3744	-0.452	0.0618	0.1787	0.1779	0.1509	-0.1494	0.1768	-0.034	-0.0575	-0.0526	-0.1036	0.0398	-0.0934	0.0609	-0.052	0.0031	0.0809	-0.017	0.0931	77.446	2.1196	21.2304
2	1.0453	0.0575	-0.2553	0.0915	0.1056	0.0595	0.0894	-0.1422	0.0096	-0.0485	-0.0263	0.0067	-0.0068	0.0048	-0.0631	0.115	0.0205	-0.0171	0.0783	0.0108	0.0051	60.8714	63.2513	61.174
3	0.9106	-0.0223	-0.1668	0.0291	0.0786	0.0098	-0.0118	0.0992	-0.1371	-0.0136	-0.0226	0.0074	-0.0205	-0.0212	0.0344	0.0783	0.0234	0.0003	0.1	-0.0246	0.0385	54.729	36.0315	35.9193
4	0.9196	-0.0214	-0.2421	0.0651	0.1661	0.1012	0.0583	0.0971	-0.0657	0.029	-0.0145	-0.0303	-0.0065	-0.0605	-0.0438	0.0653	-0.0218	-0.0551	0.0402	0.0243	0.0855	67.8042	-24.4043	-3.6458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 36	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	46 - 144	46 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	170 - 369	170 - 369
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	375 - 430	375 - 430
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 39	1 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	47 - 147	47 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	173 - 369	173 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	375 - 427	375 - 427
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 36	1 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	47 - 147	47 - 147
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	170 - 369	170 - 369
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	375 - 430	375 - 430
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 38	1 - 38
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	46 - 143	46 - 143
18	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	170 - 369	170 - 369
19	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	375 - 430	375 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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