PDB-2a1r: Crystal structure of PARN nuclease domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a1r

タイトル

Crystal structure of PARN nuclease domain

要素

5'-R(*AP*AP*A)-3'
Poly(A)-specific ribonuclease PARN

キーワード

HYDROLASE/RNA / PARN / DEDD / Nuclease domain / HYDROLASE-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

lncRNA processing / priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / cation binding / RNA modification / telomerase RNA stabilization / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wu, M. / Song, H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
著者: Wu, M. / Reuter, M. / Lilie, H. / Liu, Y. / Wahle, E. / Song, H.

履歴

登録	2005年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a1r.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a1r.ent.gz	109.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a1r_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a1r_full_validation.pdf.gz	479.3 KB	表示
XML形式データ	2a1r_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	2a1r_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a1sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e2t-1 6lii-2 5zxn-d 6pd0-d 2fv7-d 4yay-d 4xq6-d 4gkr-d 6lhr-1 2yvk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (13) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 5'-R(*AP*AP*A)-3'

D: 5'-R(*AP*AP*A)-3'

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

B: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.778, 92.401, 159.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

homodimer is the functional unit

#1: RNA鎖	5'-R(APAPA)-3' 分子量: 942.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: タンパク質	Poly(A)-specific ribonuclease PARN / Polyadenylate-specific ribonuclease / Deadenylating nuclease / Deadenylation nuclease / PARN 分子量: 49617.137 Da / 分子数: 2 / Fragment: PARN(1-430) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARN / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 star / 参照: UniProt: O95453, poly(A)-specific ribonuclease
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 3350	1	1
2	ammonium tartrate	1	1
3	H2O	1	1
4	PEG 3350	1	2
5	ammonium tartrate	1	2
6	H2O	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9762

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月30日

放射

モノクロメーター: Silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9793	1
3	0.9762	1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 36514 / Num. obs: 36318 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度: 2.64→2.71 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2353 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.795 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23561	1610	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21823	-	-	-
all	0.2208	36514	-	-
obs	0.21909	31218	97.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4799	126	0	153	5078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	1.985	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3	10320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.546	5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.054	1.5	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	2	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.772	3	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.144	4.5	2078

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	97
R_work	0.306	2079

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5417	-0.0491	-0.0109	1.4404	-0.2061	0.4579	0.0163	-0.0383	0.1364	-0.0615	-0.0006	-0.1312	0.0144	0.0909	-0.0157	0.0713	0.0552	0.0333	0.1014	-0.0407	0.1111	56.1045	52.7727	20.4356
2	0.658	0.5157	-0.1081	3.0675	-0.0335	0.452	-0.0309	0.0519	-0.0326	0.0818	0.1174	0.1342	-0.0683	-0.0957	-0.0865	0.092	0.0334	-0.0011	0.0873	0.0119	0.0429	37.2725	14.3121	17.7321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1 - 40	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	46 - 143	46 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	257 - 369	257 - 369
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	375 - 423	375 - 423
6	X-RAY DIFFRACTION	1	C	A	501 - 503	1 - 3
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	1 - 40	1 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	50 - 143	50 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	261 - 369	261 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	375 - 423	375 - 423
12	X-RAY DIFFRACTION	2	D	B	601 - 603	1 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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