PDB-2a0n: Crystal structure of Imidazole glycerol phosphate synthase subuni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a0n

タイトル

Crystal structure of Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF (EC 4.1.3.-) (tm1036) from Thermotoga maritima at 1.64 A resolution

要素

Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF

キーワード

LYASE / tm1036 / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF / EC 4.1.3.- / IGP / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF (EC 4.1.3.-) (tm1036) from Thermotoga maritima at 1.64 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a0n.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a0n.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a0n_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a0n_full_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示
XML形式データ	2a0n_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2a0n_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vh7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d30-d 6rg0-2 6k7z-1 5d2w-d 5tql-2 6dc1-1 6dc1-5 4ewn-d 3iio-6 3iip-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282903

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.610, 96.610, 155.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit hisF / ImGP synthase subunit hisF / IGPS subunit hisF 分子量: 29215.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.33 %
結晶化	温度: 273 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.9 詳細: 0.2None Nal, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979748

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月31日 / 詳細: Flat Mirror; Side-deflecting monochromator (Si 111)

放射

モノクロメーター: Flat Mirror; Side-deflecting monochromator (Si 111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979748 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→48.31 Å / Num. obs: 53271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.014 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
1.64-1.68	100	10.6	0.5	3837	0.01369
1.68-1.73	100	10.6	0.7	3775	0.01057
1.73-1.78	100	10.6	0.9	3659	0.852
1.78-1.83	100	10.6	1.2	3576	0.637
1.83-1.89	100	10.6	1.5	3485	0.514
1.89-1.96	100	10.6	1.9	3311	0.397
1.96-2.03	100	10.6	2.5	3257	0.301
2.03-2.12	100	10.5	3.3	3126	0.228
2.12-2.21	100	10.5	4.2	3008	0.179
2.21-2.32	100	10.5	5.2	2883	0.143
2.32-2.44	100	10.9	5.6	2744	0.13
2.44-2.59	100	13.7	5.2	2605	0.136
2.59-2.77	100	15.5	6	2470	0.117
2.77-2.99	100	18.5	6.6	2305	0.103
2.99-3.28	100	20.5	7.6	2131	0.08
3.28-3.67	100	20.2	9.8	1940	0.064
3.67-4.23	100	19.1	11.5	1736	0.053
4.23-5.19	100	20.4	12.8	1492	0.045
5.19-7.33	100	19.5	11.7	1199	0.052
7.33-48.31	99.7	16.9	12.5	732	0.046

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0001	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1vh7

1vh7

解像度: 1.64→48.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.353 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE ADDITIONAL DENSITY NEAR CYS-9 HAS BEEN MODELED AS AN UNL, UNKNOWN LIGAND. THIS RESIDUE IS COVALENTLY BOUND TO SG OF CYS-9.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	2704	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
all	0.168	-	-	-
obs	-	50488	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1915	0	42	279	2236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.908	1.976	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.699	3	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.213	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.281	24.524	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.15	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.161	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.086	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.181	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.901	3	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.555	3	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.04	5	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.007	8	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.148	11	693

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.31	204
R_work	0.266	3630

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.2282 Å / Origin y: 79.1115 Å / Origin z: 37.306 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0745 Å²	-0.0031 Å²	0.0254 Å²	-	-0.0361 Å²	0.0032 Å²	-	-	-0.0531 Å²
L	1.5126 °²	-0.1393 °²	-0.0954 °²	-	0.6465 °²	0.0937 °²	-	-	0.8217 °²
S	0.0412 Å °	-0.1588 Å °	0.1606 Å °	0.0671 Å °	-0.0102 Å °	0.0454 Å °	-0.0769 Å °	-0.0755 Å °	-0.0311 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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