PDB-2a0m: Arginase superfamily protein from Trypanosoma cruzi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a0m

タイトル

Arginase superfamily protein from Trypanosoma cruzi

要素

ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / ARGINASE / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Methods Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural genomics of pathogenic protozoa: an overview.
著者: Fan, E. / Baker, D. / Fields, S. / Gelb, M.H. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Phizicky, E. / Dumont, M. / Mehlin, C. / Grayhack, E. / Sullivan, M. / Verlinde, C. / Detitta, G. / ...

履歴

登録	2005年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

Remark 999

SEQUENCE The sequence of this protein can be found at GeneDB with id TC00.1047053507963.20.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a0m.cif.gz	75.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a0m.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a0m_validation.pdf.gz	417.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a0m_full_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示
XML形式データ	2a0m_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	2a0m_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4myn-d 1tvy-1 3i41-2 4myf-d 7cne-d 5fbb-2 4krv-1 1tvy-2 2agd-1 1a5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tcru010945AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.875, 128.875, 42.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-421- HOH

#1: タンパク質	ARGINASE SUPERFAMILY PROTEIN 分子量: 34678.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507963.20 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DSA0, formimidoylglutamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.4 ul protein 8.7 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer, 100mM potassium bromide, 42% PEG 1000, 100mM Na citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 32939 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.952

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Diffraction-ID
1.6-1.66	57.2	0.537	0.997	2010	1
1.66-1.72	89.4	0.505	1.528	3098	1
1.72-1.8	99.7	0.42	2.417	3485	1
1.8-1.9	100	0.283	4.055	3459	1
1.9-2.02	100	0.192	5.378	3472	1
2.02-2.17	100	0.121	8.796	3479	1
2.17-2.39	100	0.085	12.408	3499	1
2.39-2.74	100	0.058	17.635	3457	1
2.74-3.45	100	0.042	24.118	3497	1
3.45-50	100	0.047	23.582	3483	1

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.365 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.643

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	39.86 Å
Translation	3 Å	39.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.2.0005 24/04/2001	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: low resolution SAD structure

解像度: 1.603→39.873 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.167 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	1646	4.997 %	random
R_work	0.168	-	-	-
obs	-	32939	94.928 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→39.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2286	0	1	202	2489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.957	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.942	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.604	23.423	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.748	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.548	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.106	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.221	1.5	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.226	1.5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.375	2	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.632	2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.44	3	999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.784	3	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.208	4.5	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.249	4.5	2832

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.603-1.645	0.334	71	0.275	1367	2612	55.054
1.645-1.69	0.335	110	0.27	1863	2455	80.367
1.69-1.739	0.268	116	0.23	2225	2440	95.943
1.739-1.792	0.229	116	0.212	2228	2349	99.787
1.792-1.851	0.247	118	0.188	2200	2318	100
1.851-1.916	0.254	104	0.177	2102	2206	100
1.916-1.988	0.197	100	0.177	2039	2139	100
1.988-2.069	0.157	96	0.165	1916	2012	100
2.069-2.16	0.198	93	0.164	1909	2002	100
2.16-2.265	0.179	99	0.159	1790	1889	100
2.265-2.388	0.205	88	0.156	1693	1781	100
2.388-2.532	0.19	92	0.163	1613	1705	100
2.532-2.706	0.195	74	0.162	1515	1589	100
2.706-2.922	0.177	82	0.165	1389	1471	100
2.922-3.199	0.18	64	0.163	1299	1363	100
3.199-3.573	0.185	70	0.156	1175	1245	100
3.573-4.121	0.165	64	0.14	1015	1079	100
4.121-5.033	0.139	37	0.139	884	921	100
5.033-7.062	0.231	36	0.191	684	720	100
7.062-39.873	0.237	16	0.175	387	403	100

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