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万見
- PDB-2a08: Structure of the yeast YHH6 SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a08
タイトルStructure of the yeast YHH6 SH3 domain
要素Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region
キーワードPROTEIN BINDING / sh3 domain / yeast / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


actin cortical patch localization / actin cortical patch / actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol binding / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton organization / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH3YL1-like, SYLF domain / : / Ysc84 actin-binding domain / Las17-binding protein actin regulator / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...SH3YL1-like, SYLF domain / : / Ysc84 actin-binding domain / Las17-binding protein actin regulator / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Kursula, P. / Kursula, I. / Song, Y.H. / Lehmann, F. / Zou, P. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 3-D proteome of yeast SH3 domains
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Song, Y.H. / Lehmann, F. / Zou, P. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region
B: Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0272
ポリマ－13,0272
非ポリマー00
水4,125229
1
A: Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5131
ポリマ－6,5131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5131
ポリマ－6,5131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.830, 66.830, 52.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-128-

HOH

21A-179-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 6 - 62 / Label seq-ID: 4 - 60

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 41.8 kDa protein in SPO13-ARG4 intergenic region


分子量: 6513.289 Da / 分子数: 2 / 断片: sh3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P32793
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→40 Å / Num. obs: 19553 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1OOT

1oot


解像度: 1.54→33.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.503 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21547 977 5 %RANDOM
Rwork0.17109 ---
obs0.17329 18569 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→33.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数920 0 0 229 1149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.9241270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81131933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0275114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2483575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8654919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1984365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2225351
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
333medium positional0.290.5
457loose positional0.715
333medium thermal1.042
457loose thermal1.7110
LS精密化 シェル解像度: 1.541→1.581 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 69
Rwork0.197 1302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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