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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a04 | ||||||
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タイトル | Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative | ||||||
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![]() | RNA / Ribosome / A-site. double helix / neomycin | ||||||
機能・相同性 | NEOMYCIN / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Q. / Zhao, F. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of RNA by neomycin and a restricted neomycin derivative 著者: Zhao, F. / Zhao, Q. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The chains A and B, C and D form two double-helix RNA biological unit. The two units are related by non-crystallographic symmetry in the asymmetric unit. |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4903.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in ESCHERICHIA COLI (bacteria) except one residue was removed near 3' terminal #2: RNA鎖 | 分子量: 4380.691 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in ESCHERICHIA COLI (bacteria) except one residue was removed near 5' terminal #3: 化合物 | ChemComp-NMY / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: MPD, magnesium sulfate, potassium chloride, sodium chloride, cacodylate, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→28.5 Å / Num. obs: 7103 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 387 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 75.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.046
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