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- PDB-28lu: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii chlororibosome with fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 28lu
タイトルStructure of the Chlamydomonas reinhardtii chlororibosome with factor pY
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 3
  • (50S ribosomal protein ...) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 14
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 13
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 3S rRNA
  • 5S rRNA
  • 7S rRNA
  • KOW domain-containing protein
  • Plastid ribosomal protein L6
  • Plastid-specific ribosomal protein-7
  • Ribosomal protein S1 homologue
  • Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein
  • bL19c
  • bL21c
  • bL27c
  • bL32c
  • bL33c
  • bL34c
  • bS20c
  • bS21c
  • bS6c
  • cL38/PSRP6
  • cS26/PSRP8
  • uL10c
  • uL13c
  • uL15c
  • uL23c,Large ribosomal subunit protein uL23c
  • uL29c
  • uS13c
  • uS5c
キーワードRIBOSOME / chloroplast / translation / chlororibosome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / plastid / ribosomal small subunit binding / chloroplast / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis ...negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / plastid / ribosomal small subunit binding / chloroplast / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / Ribosomal protein L6, chloroplast / Family of unknown function (DUF5323) / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily ...Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / Ribosomal protein L6, chloroplast / Family of unknown function (DUF5323) / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / : / S1 domain profile. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL18c / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28c / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S15 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL17c / 30S ribosomal protein 3, chloroplastic / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL11c / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL3c / 50S ribosomal protein L35 / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS12c / Large ribosomal subunit protein bL20c / Small ribosomal subunit protein uS7c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Plastid-specific ribosomal protein-7 / Ribosomal protein S1 homologue / Small ribosomal subunit protein uS11c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL2c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS14c
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Waltz, F. / Kater, L. / Engel, B.D.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation216094 スイス
Swiss State Secretariat for Education, Research and InnovationM822.00045 スイス
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Chloroplast-encoded small subunit extensions reshape the Chlamydomonas chlororibosome.
著者: Florent Waltz / Philippe A Lehner / Philippe Van der Stappen / Lukas Kater / Stefan Pfeffer / Benjamin D Engel /
要旨: Chloroplast ribosomes (chlororibosomes) synthesize the core protein components of the photosynthetic apparatus, yet their structural diversity outside flowering plants remains largely unexplored. ...Chloroplast ribosomes (chlororibosomes) synthesize the core protein components of the photosynthetic apparatus, yet their structural diversity outside flowering plants remains largely unexplored. Here, we combine in situ cryo-electron tomography (cryo-ET) with single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the chlororibosome from the unicellular green alga . Subtomogram averaging of chlororibosomes in their native environment, resolved to ~5 Å resolution and in distinct translational states, reveals particles both free in the stroma and loosely tethered to thylakoid membranes. These reconstructions uncover an additional "arm" domain on the small subunit. High-resolution single-particle reconstruction of isolated chlororibosomes to ~2.5 Å, in states bound either to the inhibitory translation factor pY or to a nascent chain-linked P-site tRNA, reveals that this domain is built primarily from extensive chloroplast-encoded insertions and extensions of conserved small subunit proteins, supported by chlororibosome-specific ribosomal proteins. The arm domain is located around the mRNA entry and exit channels, suggesting a role in stabilizing the mRNA trajectory through the small subunit and organizing chloroplast polysomes. Together, these data reveal unexpected structural variation of algal chlororibosomes and suggest that chloroplast translation has diversified substantially even among relatively closely related photosynthetic lineages.
履歴
登録2026年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: Ribosomal protein S1 homologue
d: Small ribosomal subunit protein uS4c
f: bS6c
g: Small ribosomal subunit protein uS7c
h: Small ribosomal subunit protein uS8c
j: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein
k: Small ribosomal subunit protein uS11c
l: Small ribosomal subunit protein uS12c
m: uS13c
n: Small ribosomal subunit protein uS14c
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
q: Small ribosomal subunit protein uS17c
r: Small ribosomal subunit protein bS18c
s: Small ribosomal subunit protein uS19c
t: bS20c
u: bS21c
v: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic
x: cS26/PSRP8
w: Plastid-specific ribosomal protein-7
2: 16S rRNA
b: Small ribosomal subunit protein uS2c
c: Small ribosomal subunit protein uS3c
e: uS5c
i: Small ribosomal subunit protein uS9c
y: Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein
0: cL38/PSRP6
3: 5S rRNA
5: 3S rRNA
6: bL33c
7: bL34c
8: 50S ribosomal protein L35
9: Large ribosomal subunit protein bL36c
B: Large ribosomal subunit protein uL2c
C: Large ribosomal subunit protein uL3c
D: Large ribosomal subunit protein uL4c
E: Large ribosomal subunit protein uL5c
F: Plastid ribosomal protein L6
G: Large ribosomal subunit protein bL9c
H: uL10c
I: Large ribosomal subunit protein uL11c
J: uL13c
K: Large ribosomal subunit protein uL14c
L: uL15c
M: Large ribosomal subunit protein uL16c
N: Large ribosomal subunit protein bL17c
O: Large ribosomal subunit protein uL18c
P: bL19c
Q: Large ribosomal subunit protein bL20c
R: bL21c
S: Large ribosomal subunit protein uL22c
T: uL23c,Large ribosomal subunit protein uL23c
U: KOW domain-containing protein
V: bL27c
W: Large ribosomal subunit protein bL28c
X: uL29c
Z: bL32c
Y: 50S ribosomal protein L31
1: 23S rRNA
4: 7S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,670,768520
ポリマ－2,657,54660
非ポリマー13,222460
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 23種, 23分子 afmtuxwey067FHJLPRTUVXZ

#1: タンパク質 Ribosomal protein S1 homologue


分子量: 48345.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q70DX8
#3: タンパク質 bS6c


分子量: 19096.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J5Y7
#9: タンパク質 uS13c


分子量: 18561.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JDP6
#16: タンパク質 bS20c


分子量: 18285.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JDN4
#17: タンパク質 bS21c


分子量: 20793.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HPN4
#19: タンパク質 cS26/PSRP8


分子量: 12985.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I8A6
#20: タンパク質 Plastid-specific ribosomal protein-7


分子量: 60136.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q5QEB1
#24: タンパク質 uS5c


分子量: 72090.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J8M5
#26: タンパク質 Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein


分子量: 31825.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The proper sequence is A8J8B2, but in Uniparc
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DSW0
#27: タンパク質 cL38/PSRP6


分子量: 7215.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Proper ID is A8IMN3 but sent to Uniparc
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A835SZL0
#30: タンパク質 bL33c


分子量: 11431.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I1D3
#31: タンパク質 bL34c


分子量: 12987.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HQG3
#38: タンパク質 Plastid ribosomal protein L6


分子量: 22275.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J503
#40: タンパク質 uL10c


分子量: 25941.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HVP7
#42: タンパク質 uL13c


分子量: 24590.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HWZ6
#44: タンパク質 uL15c


分子量: 25570.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Proper UNIPROT ID is A8JAL6 that has been sent to UniParc.
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#48: タンパク質 bL19c


分子量: 16626.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IW44
#50: タンパク質 bL21c


分子量: 19516.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IP00
#52: タンパク質 uL23c,Large ribosomal subunit protein uL23c / 50S ribosomal protein L23 / chloroplastic


分子量: 12565.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: N-ter extension present in the structure but not in the Uniprot sequence,N-ter extension present in the structure but not in the Uniprot sequence
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8HTL3
#53: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 18307.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J9D9
#54: タンパク質 bL27c


分子量: 17208.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8INR7
#56: タンパク質 uL29c


分子量: 14965.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HXM1
#57: タンパク質 bL32c


分子量: 10639.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IUC3

-
Small ribosomal subunit protein ... , 13種, 13分子 dghjklnqrsbci

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4c / 30S ribosomal protein S4 / chloroplastic


分子量: 30082.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P48270
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7c / 30S ribosomal protein S7 / chloroplastic


分子量: 19163.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P48267
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8c / 30S ribosomal protein S8 / chloroplastic


分子量: 15916.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59775
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein


分子量: 18736.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IWQ1
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11c / 30S ribosomal protein S11 / chloroplastic


分子量: 14260.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7YKX3
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12c / 30S ribosomal protein S12 / chloroplastic


分子量: 14637.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14149
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14c / 30S ribosomal protein S14 / chloroplastic


分子量: 11776.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9GGE2
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17c


分子量: 11767.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGS2
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18c / 30S ribosomal protein S18 / chloroplastic


分子量: 16315.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: O20032
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19c / 30S ribosomal protein S19 / chloroplastic


分子量: 10463.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59776
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2c


分子量: 102698.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A218N8X3
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3c / 30S ribosomal protein S3 / chloroplastic / ORF 712


分子量: 82015.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q08365
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9c / 30S ribosomal protein S9 / chloroplastic


分子量: 21062.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: O20029

-
30S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 opv

#11: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 15817.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HWZ8
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic


分子量: 14474.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JDN8
#18: タンパク質 30S ribosomal protein 3, chloroplastic


分子量: 33397.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I8A3

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 23514

#21: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 476372.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: GenBank: 41179002
#28: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38858.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: GenBank: 11422
#29: RNA鎖 3S rRNA


分子量: 15149.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#59: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 769308.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#60: RNA鎖 7S rRNA


分子量: 88325.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
50S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 8Y

#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 12106.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JEP1
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 14777.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J3Z3

-
Large ribosomal subunit protein ... , 14種, 14分子 9BCDEGIKMNOQSW

#33: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36c / 50S ribosomal protein L36 / chloroplastic


分子量: 4273.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59774
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2c / 50S ribosomal protein L2 / chloroplastic


分子量: 30955.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8HTL2
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3c


分子量: 27878.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JE35
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4c / 50S ribosomal protein L4 / chloroplastic


分子量: 25659.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84U22
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5c / 50S ribosomal protein L5 / chloroplastic


分子量: 20267.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8HTL1
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9c / 50S ribosomal protein L9 / chloroplastic / CL9


分子量: 22043.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D5T7
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11c / 50S ribosomal protein L11 / chloroplastic / CL11


分子量: 18562.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICE4
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14c / 50S ribosomal protein L14 / chloroplastic


分子量: 13466.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P11094
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16c / 50S ribosomal protein L16 / chloroplastic


分子量: 15500.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P05726
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17c / 50S ribosomal protein L17 / chloroplastic / CL17


分子量: 19188.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I3M4
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18c / CL18


分子量: 15818.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HNJ8
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20c / 50S ribosomal protein L20 / chloroplastic


分子量: 13578.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P26565
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22c / 50S ribosomal protein L22 / chloroplastic


分子量: 18959.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84U21
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28c


分子量: 21945.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HWS8

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非ポリマー , 2種, 460分子

#61: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#62: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloroplast ribosome / タイプ: RIBOSOME / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: mat3-4
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX"2.0_5885"モデル精密化
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175058 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Template matching / Num. of tomograms: 129 / Num. of volumes extracted: 20883
精密化最高解像度: 2.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00374311
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.734107495
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.48128096
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03913315
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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