PDB-28dn: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AN A(DNA) OCTAMER D(GTACGTAC)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 28dn

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AN A(DNA) OCTAMER D(GTACGTAC)

要素

DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Courseille, C. / Dautant, A. / Hospital, M. / Langlois D'Estaintot, B. / Precigoux, G. / Molko, D. / Teoule, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure Analysis of an A(DNA) Octamer d(GTACGTAC)
著者: Courseille, C. / Dautant, A. / Hospital, M. / Langlois D'Estaintot, B. / Precigoux, G. / Molko, D. / Teoule, R.

履歴

登録	1990年5月3日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1991年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	28dn.cif.gz	14.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb28dn.ent.gz	8.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	28dn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	28dn_validation.pdf.gz	364 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	28dn_full_validation.pdf.gz	366.8 KB	表示
XML形式データ	28dn_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	28dn_validation.cif.gz	4.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/8d/28dn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/8d/28dn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1d82-1 340d-1 1d26-1 1r41-1 1r3z-1 5wsr-1 3fa1-1 3r1c-13 2d95-1 9dna-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

2.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.500, 42.500, 24.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-44- HOH
2	1	A-50- HOH
3	1	A-52- HOH
4	1	A-60- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPAPCPGPTPAPC)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / pH: 6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	2 mM	oligonucleotide	1	drop
2	25 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	15 mM		1	drop	MgCl2
4	8 mM	spermine hydrochloride	1	drop
5	5 %(v/v)	MPD	1	drop
6	30 %(v/v)	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 279 K
検出器	タイプ: NICOLET / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 2682 / Num. obs: 894 / Observed criterion σ(I): 1
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 2682 / R_merge(I) obs*: 0.055

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 2.4 Å / σ(I): 1 /

	R_factor	反射数
R_work	0.17	-
obs	0.17	973

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	161	0	56	217

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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