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万見
- PDB-283d: A CURVED RNA HELIX INCORPORATING AN INTERNAL LOOP WITH G-A AND A-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 283d
タイトルA CURVED RNA HELIX INCORPORATING AN INTERNAL LOOP WITH G-A AND A-A NON-WATSON-CRICK BASE PAIRING
要素RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
キーワードRNA / UNUSUAL RNA / DOUBLE HELIX / CURVED / INTERNAL LOOP / MISMATCHED
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Baeyens, K.J. / De Bondt, H.L. / Pardi, A. / Holbrook, S.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: A curved RNA helix incorporating an internal loop with G.A and A.A non-Watson-Crick base pairing.
著者: Baeyens, K.J. / De Bondt, H.L. / Pardi, A. / Holbrook, S.R.
履歴
登録1996年9月3日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9442
ポリマ－3,8891
非ポリマー551
水32418
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8894
ポリマ－7,7792
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
単位格子
Length a, b, c (Å)37.710, 37.710, 88.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3889.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
解説: THE DODECAMER WAS PREPARED BY TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE FROM A SINGLE STRANDED DNA TEMPLATE.
プラスミド: PAR1219 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3NACL11
4MNCL211
5BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51.2 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mMRNA1drop
220 mM1reservoirNaCl
35 mM1reservoirMnCl2
450 mMTris-HCl1reservoir
530 %PEG4001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 1811 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.0745 / Net I/σ(I): 2.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 1869 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.85 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
R-AXISデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STANDARD A-FORM DUPLEX AND ARL048

解像度: 2.3→8 Å / Num. restraintsaints: 22 / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 138 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 1502 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.64 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 258 1 18 277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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