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- PDB-263d: ISOHELICITY AND PHASING IN DRUG-DNA SEQUENCE RECOGNITION: CRYSTAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 263d
タイトルISOHELICITY AND PHASING IN DRUG-DNA SEQUENCE RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRIS(BENZIMIDAZOLE)-OLIGONUCLEOTIDE COMPLEX
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性Chem-TBZ / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Clark, G.R. / Gray, E.J. / Neidle, S. / Li, Y.-H. / Leupin, W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Isohelicity and phasing in drug--DNA sequence recognition: crystal structure of a tris(benzimidazole)--oligonucleotide complex.
著者: Clark, G.R. / Gray, E.J. / Neidle, S. / Li, Y.H. / Leupin, W.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1994
タイトル: Sequence-Dependent Effects in Drug-DNA Interaction: The Crystal Structure of Hoechst 33258 Bound to the d(CGCAAATTTGCG)2 Duplex
著者: Spink, N. / Skelly, J.V. / Neidle, S.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Crystal Structure of the A-Tract DNA Dodecamer d(CGCAAATTTGCG) Complexed with the Minor-Groove-Binding Drug Hoechst 33258
著者: Vega, M.C. / Saez, I.G. / Aymami, J. / Eritja, R. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Coll, M.
履歴
登録1996年9月27日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8663
ポリマ－7,3252
非ポリマー5421
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.700, 40.820, 64.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-TBZ / 2''-(4-METHOXYPHENYL)-5-(3-AMINO-1-PYRROLIDINYL)-2,5',2',5''-TRI-BENZIMIDAZOLE / TRIBIZ / TRIS(BENZIMIDAZOLE) DERIVATIVE


分子量: 541.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H29N8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4SPERMINE11
5NA CACODYLATE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.5 %MPD1drop
20.9 mMTRIBIZ1drop
354.5 mM1dropMgCl2
40.2 mMspermine1drop
50.36 mMdodecamer1drop
640 %MPD1reservoir
71

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→8 Å / Num. obs: 3594 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / % possible all: 57
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.35 Å / % possible obs: 57 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GDL023

解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs0.174 2534 92.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Refine Biso クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 41 61 588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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