PDB-256l: BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 256l

タイトル

BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME

要素

LYSOZYME

キーワード

HYDROLASE / LYSOZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Faber, H.R. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: A mutant T4 lysozyme displays five different crystal conformations.
著者: Faber, H.R. / Matthews, B.W.

履歴

登録	1998年2月24日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	256l.cif.gz	46.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb256l.ent.gz	32.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	256l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	256l_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	256l_full_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示
XML形式データ	256l_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	256l_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/56/256l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/56/256l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1l34-d 1l19-d 1l46-d 1p36-d 1l22-d 1li6-d 1l41-d 1l05-d 1l45-d 5g27-d 1l38-d 2b7x-2 1p2l-d 1l32-d 1g1v-d 6u0b-d 1l16-d 1cv1-d 1l51-d 6v51-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (7) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LYSOZYME

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.100, 61.100, 97.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	LYSOZYME / M6IT 分子量: 18644.430 Da / 分子数: 1 / 変異: M6I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %

結晶化

*PLUS

pH: 6.7 / 手法: batch method / 詳細: Remington, S.J., (1978) J.Mol.Biol., 118, 81.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	1
2	0.55 M		1	1	NaCl
3	14 mM	mercaptoethanol	1	1
4	1 mM		1	1	MgCl2
5	0.01 M	sodium phosphate	1	1
6	2.2 M		1	1	NaH2PO4
7	1.8 M		1	1	K2HPO4

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1990
放射	モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 13645 / % possible obs: 65 % / R_merge(I) obs: 0.052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
TNT		精密化
ROSSMANN		データ削減
CAMBRIDGE/ODPROC		データスケーリング
CCP4	(ROTAVATA)	データスケーリング
TNT		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: WT T4LYS

解像度: 1.8→30 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.163	-	-
all	-	13645	-
obs	-	13645	65 %

溶媒の処理

B_sol: 375.4 Å² / k_sol: 0.906 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1309	0	0	132	1441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.015	1329	1
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.2	1587	1.7
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	16	813	0
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0.013	36	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0.017	191	4
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5.6	1329	1
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0.027	35	10

ソフトウェア

*PLUS

名称: TNT / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_deg	16	0
X-RAY DIFFRACTION	t_plane_restr	0.017	4

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関連情報:EMDBヘッダ

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