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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 253l | |||||||||
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タイトル | LYSOZYME | |||||||||
要素 | LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuroki, R. / Shoichet, B. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: A relationship between protein stability and protein function. 著者: Shoichet, B.K. / Baase, W.A. / Kuroki, R. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: Science / 年: 1993 タイトル: A Covalent Enzyme-Substrate Intermediate with Saccharide Distortion in a Mutant T4 Lysozyme 著者: Kuroki, R. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 253l.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb253l.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 253l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/53/253l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/53/253l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18584.352 Da / 分子数: 1 / 変異: D20A, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: T4 LYSOZYME GENE / プラスミド: M13 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: batch method / 詳細: Weaver, L.H., (1987) J. Mol. Biol., 193, 189. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 18515 / Rmerge(I) obs: 0.0453 / Net I/σ(I): 8.45 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→30 Å
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溶媒の処理 | Bsol: 605 Å2 / ksol: 1.14 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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