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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 253d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE B-DNA NONAMER D(GCGTACGCG) WITH A NOVEL D[G*(G.C)] BASE-TRIPLET INVOLVING THE MINOR GROOVE | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / BASE TRIPLET | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Mooers, B.H.M. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 1996 | タイトル: Crystal Structure of the B-DNA Nonamer d(GCGTACGCG) with a Novel d[G*(G.C)] Base-triplet Involving the Minor Groove 著者: Mooers, B.H.M. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 253d.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb253d.ent.gz | 8.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 253d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 253d_validation.pdf.gz | 313.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 253d_full_validation.pdf.gz | 313.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 253d_validation.xml.gz | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 253d_validation.cif.gz | 1.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/53/253d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/53/253d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2756.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
放射光源 | 由来: SEALED TUBE |
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検出器 | タイプ: SIEMENS P4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年8月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→32 Å / Num. all: 1958 / Num. obs: 1126 / % possible obs: 76.43 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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