PDB-251d: SINGLE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF D(CTCGAG)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 251d

タイトル

SINGLE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF D(CTCGAG)

要素

DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*AP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / A-DNA LIKE CONFORMATION AT TERMINI

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wahl, M.C. / Rao, S.T. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the B-DNA hexamer d(CTCGAG): model for an A-to-B transition.
著者: Wahl, M.C. / Rao, S.T. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1996年3月1日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	251d.cif.gz	12.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb251d.ent.gz	7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	251d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/51/251d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/51/251d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1d97-d 1p26-2 1uqa-d 1p25-2 1k2k-d 1f6c-2 1uqc-d 1pbl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*AP*G)-3')

1.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*AP*G)-3')

登録者が定義した集合体
3.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.140, 40.140, 44.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPTPCPGPAPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.96 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE_HCL	1	1
5	NA CACODYLATE	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	1 mM	oligonucleotide	1	drop
2	5 mM		1	drop	MgCl2
3	1 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
4	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
5	5 %	MPD	1	drop
6	40 %	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE
検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年6月10日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	Num. obs: 1547 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.0499
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs*: 83 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		精密化
XENGEN	V. 2.0	データ削減

精密化

解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
R_work	0.186	-
obs	0.186	1547

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	0	32	152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	2.9
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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